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万見
- PDB-1lpw: Solution structure of the yeast spliceosomal U2 snRNA-intron bran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lpw
タイトルSolution structure of the yeast spliceosomal U2 snRNA-intron branch site helix featuring a conserved pseudouridine
要素
  • 5'-R(*GP*GP*UP*GP*(PSU)P*AP*GP*UP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'
キーワードRNA / U2 snRNA / branch site / pseudouridine
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle molecular dynamics, conjugate gradient minimization
データ登録者Newby, M.I. / Greenbaum, N.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Sculpting of the Spliceosomal Branch Site Recognition Motif by a Conserved Pseudouridine
著者: Newby, M.I. / Greenbaum, N.L.
履歴
登録2002年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE Position 35 in U2 snRNA sequences from S. cerevisiae is a pseudouridine. This corresponds ...SEQUENCE Position 35 in U2 snRNA sequences from S. cerevisiae is a pseudouridine. This corresponds to position 5 on strand A, which is a uridine in 1LMV, and a pseudouridine in 1LPW.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*UP*GP*(PSU)P*AP*GP*UP*A)-3'
B: 5'-R(*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0182
ポリマ－6,0182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 800lowest energy structures that did not violate data from fluorescence experiments
代表モデルモデル #2lowest energy structure that agreed best with experimental data

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*UP*GP*(PSU)P*AP*GP*UP*A)-3'


分子量: 2912.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U2 snRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 3104.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pre-mRNA conserved intron branch site sequence site / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
2322D TOCSY
242DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. NOESY spectra were collected at many different mixing times, so that the buildup of certain NOEs could be observed to ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. NOESY spectra were collected at many different mixing times, so that the buildup of certain NOEs could be observed to resolve some spectral overlap.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM U2 snRNA-intron duplex; 10mM sodium phosphate90% H2O/10% D2O
21mM U2 snRNA-intron duplex; 10mM sodium phosphate100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM sodium chloride 6.4ambient 278 K
250mM sodium chloride 6.4ambient 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7201
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7202

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3Varian, Inc.collection
Sparky3.69T.D. Goddard and D.G. Knellerデータ解析
VNMR3.851Axel Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: torsion angle molecular dynamics, conjugate gradient minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 191 distance restraints were used, not including the 40 hydrogen bond distances imposed. Including the 133 dihedral restraints applied in structure calculations, 353 total restraints were applied.
代表構造選択基準: lowest energy structure that agreed best with experimental data
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy structures that did not violate data from fluorescence experiments
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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