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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n4e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a DNA Decamer Containing a Thymine-dimer | ||||||
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![]() | DNA / UV-damaged DNA / Thymine dimer / DNA decamer | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, H. / Zhang, K. / Ren, Y. / Nadji, S. / Sinha, N. / Taylor, J.-S. / Kang, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a DNA decamer containing a cis-syn thymine dimer. 著者: Park, H. / Zhang, K. / Ren, Y. / Nadji, S. / Sinha, N. / Taylor, J.S. / Kang, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3035.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 3053.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MgCl2, HEPES-Na, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 and 20 ℃ / pH: 8 / 詳細: used microseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 5775 / Num. obs: 4616 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.39 Å / % possible all: 76.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 10325 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.4 % / Rmerge(I) obs: 0.198 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3021 |