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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d57 | ||||||||||||||||||
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タイトル | ALTERNATIVE STRUCTURES FOR ALTERNATING POLY(DA-DT) TRACTS: THE STRUCTURE OF THE B-DNA DECAMER C-G-A-T-A-T-A-T-C-G | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Yuan, H. / Quintana, J. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Alternative structures for alternating poly(dA-dT) tracts: the structure of the B-DNA decamer C-G-A-T-A-T-A-T-C-G. 著者: Yuan, H. / Quintana, J. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: The Structure of B-Helical C-G-A-T-C-G-A-T-C-G and Comparison with C-C-A-A-C-G-T-T-G-G. The Effect of Base Pair Reversals 著者: Grzeskowiak, K. / Yanagi, K. / Prive, G.G. / Dickerson, R.E. #2: ![]() タイトル: Analysis of Local Helix Geometry in Three B-DNA Decamers and Eight Dodecamers 著者: Yanagi, K. / Prive, G.G. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 352.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 362.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3044.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: pH 6.90, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The reservoir was bugun at 15% MPD and increased 3% per week. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→8 Å / Num. all: 4601 / Num. obs: 1852 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 17 % |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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