PDB-1lo4: Retro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lo4

タイトル

Retro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9

要素

If kappa light chain
Ig gamma 2a heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / catalytic antibody / retro-Deils-Alderase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hugot, M. / Reymond, J.L. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: A structural basis for the activity of retro-Diels-Alder catalytic antibodies: evidence for a catalytic aromatic residue.
著者: Hugot, M. / Bensel, N. / Vogel, M. / Reymond, M.T. / Stadler, B. / Reymond, J.L. / Baumann, U.

履歴

登録	2002年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

At the time of processing, this sequence has not yet been deposited in a sequence database.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lo4.cif.gz	95.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lo4.ent.gz	73.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lo4_validation.pdf.gz	375.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lo4_full_validation.pdf.gz	393.6 KB	表示
XML形式データ	1lo4_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	1lo4_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lo0C 1lo2C 1lo3C 1l00 1l02 1l03 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mu0-4 3hmw-d 1t4k-2 6pds-2 5b4m-1 5ukq-d 5mv4-1 6tcn-2 6xtg-d 5dqd-d 1ct8-3 6mqm-2 5mx3-2 6u3z-1 4imk-1 5jor-2 4odt-d 6oed-3 3ejz-3 3c5s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: If kappa light chain

H: Ig gamma 2a heavy chain

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.703, 80.355, 125.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	If kappa light chain / Catalytic antibody 9D9 分子量: 23994.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion. 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体	Ig gamma 2a heavy chain 分子量: 23656.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion. 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91Z05*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	15 mg/ml	Fab	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.8
3	0.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6
5	30 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月10日 / 詳細: Yale mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 19718 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 45 Å² / R_merge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / R_merge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / % possible all: 98.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all*: 182312
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs*: 98.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALA		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→38.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 9.885 / SU ML: 9.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3079	1053	5.3 %	RANDOM
R_work	0.23532	-	-	-
all	0.2391	18630	-	-
obs	0.23917	18630	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.887 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3352	0	0	19	3371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.906	1.948	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.934	3	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.844	15	597
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.3	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.341	0.3	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.27	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.728	1.5	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.008	2	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.465	2.5	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.68	3	1150

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.391	68
R_work	0.269	1352

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1341	2.7516	-1.7311	3.3573	-1.0216	3.4098	0.1622	0.3579	0.1974	0.2748	0.1686	0.3046	-0.3744	-0.2862	-0.3308	0.0687	0.0856	0.0439	0.1126	0.0363	0.086	79.2355	-44.4279	-60.5643
2	2.2495	1.4391	0.1137	3.705	0.4418	2.3294	-0.0702	0.1265	-0.1038	-0.3281	0.0609	-0.2262	0.1819	0.0576	0.0093	0.1446	0.0337	0.007	0.0971	0.021	0.0832	96.8031	-51.1445	-89.5422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 112	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	1	H	B	1 - 119	1 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	2	L	A	113 - 217	113 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	2	H	B	120 - 220	120 - 220

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / R_factor R_free: 0.315 / R_factor R_work: 0.25

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.46 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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