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- PDB-1lo4: Retro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lo4
タイトルRetro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9
要素
  • If kappa light chain
  • Ig gamma 2a heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / catalytic antibody / retro-Deils-Alderase
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa light chain C_region / Ighg protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hugot, M. / Reymond, J.L. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: A structural basis for the activity of retro-Diels-Alder catalytic antibodies: evidence for a catalytic aromatic residue.
著者: Hugot, M. / Bensel, N. / Vogel, M. / Reymond, M.T. / Stadler, B. / Reymond, J.L. / Baumann, U.
履歴
登録2002年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
Remark 999 At the time of processing, this sequence has not yet been deposited in a sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: If kappa light chain
H: Ig gamma 2a heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6512
ポリマ－47,6512
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.703, 80.355, 125.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 If kappa light chain / Catalytic antibody 9D9


分子量: 23994.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体 Ig gamma 2a heavy chain


分子量: 23656.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibodies were isolated from hybridoma cells and Fab fragments were generated by papain digestion.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91Z05*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlFab1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.8
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
530 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月10日 / 詳細: Yale mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 19718 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 182312
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 9.885 / SU ML: 9.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3079 1053 5.3 %RANDOM
Rwork0.23532 ---
all0.2391 18630 --
obs0.23917 18630 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 0 19 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.9484681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9343435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.84415597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.31532
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.5353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7281.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.00823531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4652.51262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6831150
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 68
Rwork0.269 1352
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13412.7516-1.73113.3573-1.02163.40980.16220.35790.19740.27480.16860.3046-0.3744-0.2862-0.33080.06870.08560.04390.11260.03630.08679.2355-44.4279-60.5643
22.24951.43910.11373.7050.44182.3294-0.07020.1265-0.1038-0.32810.0609-0.22620.18190.05760.00930.14460.03370.0070.09710.0210.083296.8031-51.1445-89.5422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1121 - 112
2X-RAY DIFFRACTION1HB1 - 1191 - 119
3X-RAY DIFFRACTION2LA113 - 217113 - 217
4X-RAY DIFFRACTION2HB120 - 220120 - 220
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.46 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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