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- PDB-1ln4: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI YHBY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ln4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI YHBY
要素Hypothetical protein yhbY
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PUTATIVE RNA-BINDING PROTEIN / PUTATIVE TRANSLATION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 5'-end processing / preribosome binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
YhbY-like / RNA-binding, CRM domain / RNA-binding protein YhbY / YhbY-like superfamily / CRS1 / YhbY (CRM) domain / CRM domain profile. / CRS1_YhbY / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein YhbY / RNA-binding protein YhbY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ostheimer, G.J. / Barkan, A. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of E. coli YhbY: a representative of a novel class of RNA binding proteins
著者: Ostheimer, G.J. / Barkan, A. / Matthews, B.W.
履歴
登録2002年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yhbY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7181
ポリマ－11,7181
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.324, 57.324, 70.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yhbY / yhbY


分子量: 11717.667 Da / 分子数: 1 / 変異: N2D,R97L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YHBY / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Gold / 参照: UniProt: P42550, UniProt: P0AGK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 200, sodium chloride, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mM1dropNaCl
210 mMTris1droppH7.0
30.1 mMEDTA1drop
45 mMdithiothreitol1drop
510 mg/mlprotein1drop
645 %(v/v)PEG2001reservoir
7100 mMTris1reservoirpH8.5
8100 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9611,0.9793,0.9792
シンクロトロンALS 5.0.121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年6月28日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年6月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL SIMADMx-ray1
2SINGLE CRYSTAL SI CYLINDRICALLY BENTSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96111
20.97931
30.97921
411
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 22101 / Num. obs: 22089 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3170 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. obs: 22061 / % possible obs: 100 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
SCALAデータスケーリング
TNT5F精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT GEOMETRY V1.0
詳細: PHASES WERE DETERMINED USING A 3-WAVELENGTH MAD DATASET COLLECTED ON A SINGLE CRYSTAL. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST AN ADDITIONAL MONOCHROMATIC DATASET THAT WAS COLLECTED USING THE SAME CRYSTAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1119 5 %random
Rwork0.192 ---
all0.193 22103 --
obs0.193 22061 100 %-
溶媒の処理Bsol: 207.501 Å2 / ksol: 0.82848 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数769 0 0 107 876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0157770.4
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.76610440.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.1254870
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.004192
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0111064
X-RAY DIFFRACTIONt_it6.367770.1
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0181110
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 21928 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0042
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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