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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ln4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI YHBY | ||||||
![]() | Hypothetical protein yhbY | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / PUTATIVE RNA-BINDING PROTEIN / PUTATIVE TRANSLATION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA 5'-end processing / preribosome binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ostheimer, G.J. / Barkan, A. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of E. coli YhbY: a representative of a novel class of RNA binding proteins 著者: Ostheimer, G.J. / Barkan, A. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11717.667 Da / 分子数: 1 / 変異: N2D,R97L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 200, sodium chloride, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 22101 / Num. obs: 22089 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 4.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3170 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 99.9 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 22061 / % possible obs: 100 % | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: PHASES WERE DETERMINED USING A 3-WAVELENGTH MAD DATASET COLLECTED ON A SINGLE CRYSTAL. THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST AN ADDITIONAL MONOCHROMATIC DATASET THAT WAS COLLECTED USING THE SAME CRYSTAL.
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溶媒の処理 | Bsol: 207.501 Å2 / ksol: 0.82848 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 21928 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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