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- PDB-1fad: DEATH DOMAIN OF FAS-ASSOCIATED DEATH DOMAIN PROTEIN, RESIDUES 89-183 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fad
タイトルDEATH DOMAIN OF FAS-ASSOCIATED DEATH DOMAIN PROTEIN, RESIDUES 89-183
要素PROTEIN (FADD PROTEIN)
キーワードAPOPTOSIS / FADD / DEATH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL signaling / FasL/ CD95L signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / TRIF-mediated programmed cell death ...TRAIL signaling / FasL/ CD95L signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation of TNFR1 signaling / death effector domain binding / Regulation of necroptotic cell death / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / caspase binding / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of macrophage differentiation / necroptotic signaling pathway / negative regulation of necroptotic process / receptor serine/threonine kinase binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cardiac muscle tissue development / motor neuron apoptotic process / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / positive regulation of execution phase of apoptosis / T cell differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / lymph node development / behavioral response to cocaine / spleen development / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / signaling adaptor activity / thymus development / positive regulation of interleukin-8 production / kidney development / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell differentiation in thymus / cell body / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / apoptotic process / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
FADD / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). ...FADD / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FAS-associated death domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMMULATED ANNEALING
データ登録者Jeong, E.-J. / Bang, S. / Lee, T.H. / Park, Y.-I. / Sim, W.-S. / Kim, K.-S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The solution structure of FADD death domain. Structural basis of death domain interactions of Fas and FADD.
著者: Jeong, E.J. / Bang, S. / Lee, T.H. / Park, Y.I. / Sim, W.S. / Kim, K.S.
#1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1996
タイトル: A Mouse Fas-Associated Protein with Homology to the Human Mort1/FADD is Essential for Fas-Induced Apoptosis
著者: Zhang, J. / Winoto, A.
履歴
登録1999年3月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FADD PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0891
ポリマ－11,0891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #21

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FADD PROTEIN)


分子量: 11088.693 Da / 分子数: 1 / 断片: DEATH DOMAIN (RESIDUES 89-183) / 変異: D96Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINAL EXTENSION OF GLY-SER-HIS-MET FROM CLONING ARTIFACT. COORDINATES ARE NOT SHOWN FOR ARTIFACT.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61160

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D-15N-HSQC-NOESY
1213D-13C
13115N-EDITED NOESY
14113C-(H)CCH-TOCSY
1513D-15N-HSQC-TOCSY
161NOESY
1713D HNHA
NMR実験の詳細Text: DISTANCE CONSTRAINTS ARE DERIVED FROM THE 3D-13C, 15N-EDITED NOESY. J-COUPLING CONSTANTS FROM HNHA AND 13C CHEMICAL SHIFTS WERE USED AS CONTRAINTS. DURING THE REFINEMENT, DATABASE POTENTIAL WAS USED.

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試料調製

詳細内容: 2 MM
試料状態pH: 4 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS600VarianUNITYPLUS6005001
Varian INOVA500VarianINOVA5006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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