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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lli | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT PROTEIN WITH ALTERED BUT IMPROVED HYDROPHOBIC CORE PACKING | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lim, W.A. / Hodel, A. / Sauer, R.T. / Richards, F.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a mutant protein with altered but improved hydrophobic core packing. 著者: Lim, W.A. / Hodel, A. / Sauer, R.T. / Richards, F.M. #1: ![]() タイトル: Refined 1.8 Angstrom Crystal Structure of the Lambda Repressor-Operator Complex 著者: Beamer, L.J. / Pabo, C.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 399.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6158.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6108.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 10146.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lambda-like viruses / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jordan, S.R. et al.(1985). Science, 230, 1383-1385. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge F obs: 0.196 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.261 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3 |