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万見
- PDB-1lgv: Structure of a Human Bence-Jones Dimer Crystallized in U.S. Space... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lgv
タイトルStructure of a Human Bence-Jones Dimer Crystallized in U.S. Space Shuttle Mission STS-95: 100K
要素IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Bence-Jones Dimer / Microgravity Crystallization / Induced fit
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Terzyan, S.S. / DeWitt, C.R. / Ramsland, P.A. / Bourne, P.C. / Edmundson, A.B.
引用
ジャーナル: J.MOL.RECOG. / 年: 2003
タイトル: Comparison of the three-dimensional structures of a human Bence-Jones dimer crystallized on Earth and aboard US Space Shuttle Mission STS-95
著者: Terzyan, S.S. / DeWitt, C.R. / Ramsland, P.A. / Bourne, P.C. / Edmundson, A.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional structure of an immunoglobulin light-chain dimer with amyloidogenic properties.
著者: BOURNE, P.C. / RAMSLAND, P.A. / SHAN, L. / Fan, Z.C. / DeWitt, C.R. / SHULTZ, B.B. / Terzyans, S.S. / Moomaw, C.R. / Slaughter, C.A. / Guddat, L.W. / Edmundson, A.B.
履歴
登録2002年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月19日Group: Other
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2182
ポリマ－45,2182
非ポリマー00
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.339, 83.248, 112.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LAMBDA LIGHT CHAIN / IG A L / IMMUNOGLOBULIN LAMBDA-CHAIN / IG A1 BUR


分子量: 22608.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJG0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 279K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Alvarado, U.R., (2001) J. Crystal Growth, 223, 407.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年1月18日 / 詳細: Osmic multilayer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 33755 / Num. obs: 29790 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 36.14
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.38 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 3328 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. obs: 33875 / Num. measured all: 192398
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 3328 / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JVK

1jvk


解像度: 1.95→25 Å / Isotropic thermal model: Overall anisotropic / 交差検証法: R free / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood target for amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2226 6.6 %random
Rwork0.2 ---
all-33755 --
obs-29790 94.7 %-
溶媒の処理Bsol: 62.1952 Å2 / ksol: 0.328193 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.902 Å20 Å20 Å2
2---0.701 Å20 Å2
3----4.202 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 0 261 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.1161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.8332
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.3682.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2pca.parpca.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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