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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lfz | ||||||
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タイトル | OXY HEMOGLOBIN (25% METHANOL) | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEMOGLOBIN / T State / HUMIDITY / ENVIRONMENT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Biswal, B.K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human oxy- and deoxyhaemoglobin at different levels of humidity: variability in the T state. 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Structure of human oxyhaemoglobin at 2.1 A resolution 著者: Shaanan, B. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution 著者: Fermi, G. / Perutz, M.F. / Shaanan, B. / Fourme, R. #3: ![]() タイトル: A Third Quaternary Structure of Human Hemoglobin a at 1.7-Angstroms Resolution 著者: Silva, M.M. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 980.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 997.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.7 / 詳細: phosphate buffer, pH 6.7, LIQUID DIFFUSION at 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3.1 Å / Num. obs: 4267 / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 123627.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.4828 Å2 / ksol: 0.26169 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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