PDB-1lf4: STRUCTURE OF PLASMEPSIN II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lf4

タイトル

STRUCTURE OF PLASMEPSIN II

要素

Plasmepsin 2

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum.
著者: Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M.

履歴

登録	2002年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lf4.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lf4.ent.gz	62 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lf4_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lf4_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	1lf4_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	1lf4_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lf3C 1ls5C 1smeS 1lee 1lf2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lhg-d 4gj9-2 3ind-d 5enm-d 1lf3-d 6dd4-3 6vzh-3 3f9q-d 2bj7-d 6in9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin 2

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.659, 39.567, 90.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Plasmepsin 2 / Aspartic hemoglobinase II / PFAPD 分子量: 37123.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.0
3	7 mM	inhibitor	1	drop
4	10 %(v/v)	DMSO	1	drop
5	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.6
6	20 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
7	10 %(v/v)	butanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 39503 / Num. obs: 28457 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 13.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 67
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度*: 7 %
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 98.1 % / Mean I/σ(I) obs*: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	0.9	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SME

1sme

解像度: 1.9→19.78 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 937720.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1443	5.1 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.217	28457	99.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 63.3106 Å² / k_sol: 0.323708 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.02 Å²	0 Å²	0.91 Å²
2-	-	7.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.44 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.26 Å	0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3148	0	0	870	4018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.75
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.02 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	241	5.1 %
R_work	0.277	4442	-
obs	-	-	98.8 %

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_work: 0.17

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.09
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	32.2

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / R_factor R_free: 0.31 / R_factor R_work: 0.27

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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