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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lf4 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PLASMEPSIN II | ||||||
要素 | Plasmepsin 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum. 著者: Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lf4.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lf4.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lf4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37123.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 39503 / Num. obs: 28457 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 98.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SME 解像度: 1.9→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 937720.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.3106 Å2 / ksol: 0.323708 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.27 |