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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l4z | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS | ||||||
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![]() | HYDROLASE/BLOOD CLOTTING / plasminogen / streptokinase / protein complex / HYDROLASE-BLOOD CLOTTING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / plasminogen activation / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / Schaffer collateral - CA1 synapse / kinase binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wakeham, N. / Terzyan, S. / Zhai, P. / Loy, J.A. / Tang, J. / Zhang, X.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Effects of deletion of streptokinase residues 48-59 on plasminogen activation. 著者: Wakeham, N. / Terzyan, S. / Zhai, P. / Loy, J.A. / Tang, J. / Zhang, X.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | One molecule of microplasminogen and one molecule of streptokinase N terminal alpha domain in assymetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27177.248 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain, Residues 544-791 / 変異: S741A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14907.698 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal alpha domain, Residues 0-147 / 変異: Q5E, W6A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Streptococcus dysgalactiae / 株: subsp. equisimilis / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月26日 / 詳細: Osmic confocal mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→24.72 Å / Num. all: 17131 / Num. obs: 17131 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 70.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 43 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1390 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 14317 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 1390 / Rmerge(I) obs: 0.38 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DDJ 解像度: 2.8→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 41.18 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.22 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.6 |