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- PDB-3p5n: Structure and mechanism of the S component of a bacterial ECF tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p5n
タイトルStructure and mechanism of the S component of a bacterial ECF transporter
要素Riboflavin uptake protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter / alpha-helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter, Riboflavin transporter RibU / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / : / Riboflavin transporter RibU
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhang, P. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure and mechanism of the S component of a bacterial ECF transporter
著者: Zhang, P. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2010年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin uptake protein
B: Riboflavin uptake protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8044
ポリマ－42,0512
非ポリマー7532
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.434, 94.244, 115.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNMETMETchain A and (resseq 10:141 or resseq 153:188 )AA10 - 14110 - 141
12LYSLYSARGARGchain A and (resseq 10:141 or resseq 153:188 )AA153 - 188153 - 188
21GLNGLNMETMETchain B and (resseq 10:141 or resseq 153:188 )BB10 - 14110 - 141
22LYSLYSARGARGchain B and (resseq 10:141 or resseq 153:188 )BB153 - 188153 - 188

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin uptake protein / RibU


分子量: 21025.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: TCH60 / 遺伝子: HMPREF0772_2174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2GB05, UniProt: E5QVT2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)Mosaicity (°)
13.2662.280.647
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.6pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.6pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.075
シンクロトロンNSLS X29A20.9791, 0.9793, 0.9600
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年2月3日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年2月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0751
20.97911
30.97931
40.961
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 6783 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.6-3.7370.8316490.881100
3.73-3.887.10.5016610.787100
3.88-4.057.20.3746540.901100
4.05-4.277.10.2096770.894100
4.27-4.547.10.1266630.984100
4.54-4.8970.0846671.065100
4.89-5.3870.0846751.106100
5.38-6.156.90.0936891.206100
6.15-7.756.60.057041.148100
7.75-506.20.0297441.38197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.6→49.21 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7392 / SU ML: 0.64 / σ(F): 0.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: Ligand RBF has high real space R value due to the high B factor.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 362 5.61 %
Rwork0.2646 --
obs0.266 6457 95.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 147.254 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 247.48 Å2 / Biso mean: 142.7039 Å2 / Biso min: 78.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0701 Å20 Å2-0 Å2
2--11.8841 Å20 Å2
3----20.9542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 0 54 0 2660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0392940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.873936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3461600
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
12B1303X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6002-4.12090.3871100.29441853196390
4.1209-5.1910.27671090.21662072218198
5.191-49.21480.27631430.27682170231398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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