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万見
- PDB-6p7j: Crystal structure of Latency Associated Peptide unbound to TGF-beta1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7j
タイトルCrystal structure of Latency Associated Peptide unbound to TGF-beta1
要素Transforming growth factor beta-1 proprotein
キーワードCYTOKINE / pro-domain / latency / cancer / transforming
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to acetaldehyde / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation ...cellular response to acetaldehyde / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of striated muscle tissue development / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of protein import into nucleus / embryonic liver development / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / odontoblast differentiation / positive regulation of odontogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Langerhans cell differentiation / negative regulation of macrophage cytokine production / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / heart valve morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / mammary gland branching involved in thelarche / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / positive regulation of vasculature development / response to laminar fluid shear stress / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of extracellular matrix disassembly / ATP biosynthetic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / receptor catabolic process / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / response to salt / type I transforming growth factor beta receptor binding / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / endoderm development / phospholipid homeostasis / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / cell-cell junction organization / response to vitamin D / response to cholesterol / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / digestive tract development / positive regulation of fibroblast migration / aortic valve morphogenesis / sprouting angiogenesis / negative regulation of ossification / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / face morphogenesis / neural tube development / positive regulation of regulatory T cell differentiation / ureteric bud development / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of phagocytosis / negative regulation of neuroblast proliferation / muscle cell cellular homeostasis / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / Syndecan interactions / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / lung alveolus development / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-17 production
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into conformational switching in latency-associated peptide between transforming growth factor beta-1 bound and unbound states
著者: Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.H.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2741
ポリマ－29,2741
非ポリマー00
水00
1
A: Transforming growth factor beta-1 proprotein

A: Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5482
ポリマ－58,5482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area2230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.060, 154.900, 62.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量: 29274.240 Da / 分子数: 1 / 変異: R249A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / プラスミド: pTT3 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.6
詳細: Reservoir composition: 20% PEG3350, 300 mM NaAc pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→36.31 Å / Num. obs: 3332 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.899 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rpim(I) all: 0.209 / Rrim(I) all: 0.406 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 12411 / Scaling rejects: 46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.833.51.6926687730.4671.1062.0341.199.5
8.57-36.313.90.0769862560.9880.0420.0876.798.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
MR-Rosetta位相決定
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VQP

5vqp


解像度: 3.501→36.31 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3215 160 4.81 %
Rwork0.2881 --
obs0.2897 3329 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 224.46 Å2 / Biso mean: 111.1007 Å2 / Biso min: 40.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.501→36.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1298 0 0 0 1298
残基数----159
LS精密化 シェル解像度: 3.501→3.625 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3315 12 -
Rwork0.3296 324 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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