[日本語] English
万見
- PDB-1kzw: Solution structure of Human Intestinal Fatty acid binding protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kzw
タイトルSolution structure of Human Intestinal Fatty acid binding protein
要素INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN (A54)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / NMR spectroscopy / 15N isotope labelling / Fatty acid binding / Type 2 diabetes / Single base polymorphism / Holo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


intestinal lipid absorption / apical cortex / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / microvillus / fatty acid transport / fatty acid binding / fatty acid metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid-binding protein, intestinal / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, intestinal
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, energy minimization
データ登録者Zhang, F. / Luecke, C. / Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Hamilton, J.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution structure of human intestinal fatty acid binding protein with a naturally-occurring single amino acid substitution (A54T) that is associated with altered lipid metabolism
著者: Zhang, F. / Luecke, C. / Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Hamilton, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN: IMPLICATIONS FOR LIGAND ENTRY AND EXIT
著者: Zhang, F. / Luecke, C. / Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Hamilton, J.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A POLYMORPHISM IN THE HUMAN INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN ALTERS FATTY ACID TRANSPORT ACROSS CACO-2 CELLS
著者: Baier, L.J. / Bogardus, C. / Sacchettini, J.C.
#3: ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 1995
タイトル: AN AMINO ACID SUBSTITUTION IN THE HUMAN INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN IS ASSOCIATED WITH INCREASED FATTY ACID BINDING, INCREASED FAT OXIDATION, AND INSULIN RESISTANCE
著者: Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Knowler, W.C. / Eads, J. / Paolisso, G. / Tataranni, P.A. / Mochizuki, H. / Bennet, H.P. / Bogardus, C. / Prochazka, M.
履歴
登録2002年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN (A54)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0981
ポリマ－15,0981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300target function
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 INTESTINAL FATTY ACID-BINDING PROTEIN (A54) / I-FABP / FABPI


分子量: 15098.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP2 / プラスミド: PET-3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P12104

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H TOCSY, 1H-1H NOESY
1221H-15N HSQC, 1H-15N HTQC, 3D 1H-15N TOCSY-HMQC, 3D 1H-15N NOESY-HMQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13-4mM I-FABP, 20mM phosphate buffer, 0.05% sodium azide95% H2O/5% D2O
23-4mM I-FABP U-15N, 20mM phosphate buffer, 0.05% sodium azide95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 20mM phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3Brukercollection
nmr2st2.05P. Pristovsekデータ解析
DYANA1.5P. Guentert構造決定
Discover97MSI精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total number of 2538 distance restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る