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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kys | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Zn-bound Green Fluorescent Protein Biosensor | ||||||
![]() | Green Fluorescent Protein | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore / Zn binding design | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural chemistry of a green fluorescent protein Zn biosensor. 著者: Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26712.008 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L/S65T/Y66H/F99S/Y145F/H148G/M153T/V163A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 65SER AND 66TYR ARE MUTATED TO 65THR AND 66HIS. 65THR, 66HIS AND 67GLY ARE MODIFIED TO ...RESIDUES 65SER AND 66TYR ARE MUTATED TO 65THR AND 66HIS. 65THR, 66HIS AND 67GLY ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHOR | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used microseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: Curved Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→1.5 Å / Num. all: 115486 / Num. obs: 110767 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 79.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 38864 / Num. measured all: 115486 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.2 % / Rmerge(I) obs: 0.316 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ema 解像度: 1.44→20 Å / Num. parameters: 18410 / Num. restraintsaints: 22408 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 1731 / Occupancy sum non hydrogen: 2034 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.157 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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