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- PDB-1kpt: STRUCTURE AND FUNCTION OF A VIRALLY ENCODED FUNGAL TOXIN FROM UST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kpt
タイトルSTRUCTURE AND FUNCTION OF A VIRALLY ENCODED FUNGAL TOXIN FROM USTILAGO MAYDIS: A FUNGAL AND MAMMALIAN CALCIUM CHANNEL INHIBITOR
要素KP4 TOXIN
キーワードTOXIN / KILLER TOXIN / VIRALLY ENCODED / SINGLE SUBUNIT / ALPHA/BETA FAMILY / LEFT-HANDED CROSSOVER / USTILAGO MAYDIS / FUNGAL TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Killer Toxin P4, subunit A / Killer toxin, Kp4 / Kp4 / Killer Toxin P4; Chain A / Killer toxin Kp4/SMK / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ustilago maydis (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gu, F. / Smith, T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure and function of a virally encoded fungal toxin from Ustilago maydis: a fungal and mammalian Ca2+ channel inhibitor.
著者: Gu, F. / Khimani, A. / Rane, S.G. / Flurkey, W.H. / Bozarth, R.F. / Smith, T.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The Characterization and Crystallization of a Virally Encoded Ustilago Maydis Kp4 Toxin
著者: Gu, F. / Sullivan, T. / Che, Z. / Ganesa, C. / Flurkey, W. / Bozarth, R. / Smith, T.
履歴
登録1995年6月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KP4 TOXIN
B: KP4 TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1352
ポリマ－22,1352
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.140, 63.760, 53.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.0067, 0.0043), (0.0067, 0.4191, 0.9079), (0.0043, 0.9079, -0.4191)
ベクター: 64.0134, -16.4806, 25.2845)

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要素

#1: タンパク質 KP4 TOXIN / P4 TOXIN / KP4 KILLER TOXIN


分子量: 11067.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SECRETED / 由来: (天然) Ustilago maydis (菌類) / 株: P4 STRAIN OF USTILAGO MAYDIS SUBSTRAIN M2B / 参照: UniProt: Q90121
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Msodium citrate1reservoir
220 %isopropanol1reservoir
30.1 MHEPES1reservoir
410 mg/mlKP4 toxin1drop
50.2 Msodium citrate1drop
620 %isopropanol1drop
70.1 MHEPES1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月21日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 15905 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射
*PLUS
% possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.75→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 -5 %
Rwork0.174 --
obs0.174 14697 84.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.82 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 0 140 1733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.323
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0189
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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