ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB-ENTRY 1BVT 解像度: 2.2→21.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2475054.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2506 | 994 | 9.8 % | random |
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Rwork | 0.2088 | - | - | - |
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all | - | 19877 | - | - |
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obs | - | 10190 | 94 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.0734 Å2 / ksol: 0.367294 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.21 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.64 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.85 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.31 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.36 Å | 0.23 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.45 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1736 | 0 | 10 | 115 | 1861 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.58 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.04 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it0.6 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it0.96 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.349 | 148 | 10 % |
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Rwork | 0.251 | 1338 | - |
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obs | - | - | 83.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | ion.paramacet.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water.param | X-RAY DIFFRACTION | 4 | acet.param | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.209 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg25 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.5 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.32 Å |
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