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万見
- PDB-1ko2: VIM-2, a Zn-beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa with an ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ko2
タイトルVIM-2, a Zn-beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa with an oxidized Cys (cysteinesulfonic)
要素VIM-2 metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta/beta-alpha fold
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Docquier, J.-D. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The three-dimensional structure of VIM-2, a Zn-beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa in its reduced and oxidised form
著者: Garcia-Saez, I. / Docquier, J.-D. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2001年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIM-2 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8195
ポリマ－24,5701
非ポリマー2494
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.180, 78.030, 80.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 VIM-2 metallo-beta-lactamase


分子量: 24570.244 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / プラスミド: PET9-VIM-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE ...THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY. RESIDUES IN THE STRUCTURE ARE NUMBERED FOLLOWING THE STANDARD NUMBERING FOR CLASS B BETA-LACTAMASES (BBL NUMBERING) (GALLENI, M. ET AL. (2001). "STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES". ANTIMICROB. AGENTS CHEMOTHER. MARCH, P. 660-663).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8K, 0.2M Na acetate, 0.1M NaCac./Cac.acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.5 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.5
30.2 M1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
530 %PEG80001reservoir
60.2 Msodium acetate1reservoir
70.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
810000 nM1reservoirZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→30 Å / Num. all: 34075 / Num. obs: 20045 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.78→1.85 Å / % possible all: 49.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 10623 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.32 Å / % possible obs: 87.8 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB-ENTRY 1BVT

1bvt


解像度: 2.2→21.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2475054.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 994 9.8 %random
Rwork0.2088 ---
all-19877 --
obs-10190 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.0734 Å2 / ksol: 0.367294 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å20 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----4.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 10 115 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 148 10 %
Rwork0.251 1338 -
obs--83.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramacet.top
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4acet.param
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.32 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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