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万見
- PDB-1kf9: PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT OF HUMAN GROWTH HORMONE COMPLEXED W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kf9
タイトルPHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT OF HUMAN GROWTH HORMONE COMPLEXED WITH TWO COPIES OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ITS RECEPTOR
要素
  • EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
  • PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / CYTOKINE / HORMONE-RECEPTOR COMPLEX / PHAGE DISPLAY MOLECULAR PLASTICITY / RECEPTOR HOMODIMERIZATION / HUMAN GROWTH HORMONE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone receptor activity / regulation of response to nutrient levels / growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / taurine metabolic process / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity ...growth hormone receptor activity / regulation of response to nutrient levels / growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / positive regulation of growth / taurine metabolic process / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / response to gravity / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / positive regulation of glucose transmembrane transport / proline-rich region binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor binding / response to food / growth hormone receptor signaling pathway / response to cycloheximide / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / growth factor binding / peptide hormone binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of multicellular organism growth / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / Growth hormone receptor signaling / response to glucocorticoid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to hormone stimulus / hormone-mediated signaling pathway / response to interleukin-1 / SH2 domain binding / response to nutrient levels / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cytokine activity / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of MAP kinase activity / growth factor activity / hormone activity / receptor internalization / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / endocytosis / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to estradiol / protein phosphatase binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / external side of plasma membrane / neuronal cell body / lipid binding / protein kinase binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. ...Growth hormone-binding protein / Growth hormone receptor binding / Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Somatotropin / Growth hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Ultsch, M. / Walsh, S. / Somers, W. / De Vos, A.M. / Kossiakoff, A.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of a Phage Display Derived Variant of Human Growth Hormone Complexed to Two Copies of the Extracellular Domain of its Receptor: Evidence for Strong Structural Coupling between ...タイトル: Structure of a Phage Display Derived Variant of Human Growth Hormone Complexed to Two Copies of the Extracellular Domain of its Receptor: Evidence for Strong Structural Coupling between Receptor Binding Sites
著者: Schiffer, C.A. / Ultsch, M. / Walsh, S. / Somers, W. / De Vos, A.M. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE The sequence of the molecules A and D have not been deposited in any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE
B: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
C: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
D: PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE
E: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
F: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6126
ポリマ－153,6126
非ポリマー00
水1,33374
1
A: PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE
B: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
C: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8063
ポリマ－76,8063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
2
D: PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE
E: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)
F: EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8063
ポリマ－76,8063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.289, 111.937, 95.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PHAGE DISPLAY DERIVED VARIANT HUMAN GROWTH HORMONE


分子量: 21986.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01241*PLUS
#2: タンパク質
EXTRACELLULAR DOMAIN HUMAN GROWTH HORMONE RECEPTOR (1-238)


分子量: 27409.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10912
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化pH: 6.3 / 詳細: pH 6.30
結晶化
*PLUS
pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoir
430 %PEG25001reservoirpH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 43162 / % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 78.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 215604
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEデータ収集
MARSCALEデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
SCALEデータ削減
MARSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.326 1798 5 %RANDOM 5%
Rwork0.234 ---
obs0.234 39338 90.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20.3 Å2
2---5.9 Å20 Å2
3---14.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8604 0 0 74 8678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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