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- PDB-1kcx: X-ray structure of NYSGRC target T-45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kcx
タイトルX-ray structure of NYSGRC target T-45
要素DIHYDROPYRIMIDINASE RELATED PROTEIN-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha/beta barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


CRMPs in Sema3A signaling / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / regulation of postsynapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / phosphoprotein binding / spindle / actin cytoskeleton / presynapse / growth cone / perikaryon ...CRMPs in Sema3A signaling / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / regulation of postsynapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / phosphoprotein binding / spindle / actin cytoskeleton / presynapse / growth cone / perikaryon / postsynapse / centrosome / neuronal cell body / dendrite / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydropyrimidinase-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Deo, R.C. / Schmidt, E.F. / Strittmatter, S.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural bases for CRMP function in plexin-dependent semaphorin3A signaling
著者: Deo, R.C. / Schmidt, E.F. / Elhabazi, A. / Togashi, H. / Burley, S.K. / Strittmatter, S.M.
履歴
登録2001年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROPYRIMIDINASE RELATED PROTEIN-1
B: DIHYDROPYRIMIDINASE RELATED PROTEIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7442
ポリマ－112,7442
非ポリマー00
水14,484804
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.396, 152.111, 157.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROPYRIMIDINASE RELATED PROTEIN-1 / DRP-1 / CRMP-1


分子量: 56371.977 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 8-525 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: crmp1 (8-525) / プラスミド: pgex6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ut5600 / 参照: UniProt: P97427
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: isopropanol, tris, ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %isopropanol1reservoir
2100 mMTris1reservoirpH8.0
3200 mMammonium acetate1reservoir
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→24 Å / Num. all: 78239 / Num. obs: 78239 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 6361 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 76.8
反射
*PLUS
最低解像度: 24 Å / Num. measured all: 753778
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.12→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.233 7653 random
Rwork0.204 --
all-85030 -
obs-76527 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7286 0 0 804 8090
精密化
*PLUS
最低解像度: 24 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0127
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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