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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k8y | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRYPTOPHAN SYNTHASE BETA-SER178PRO MUTANT COMPLEXED WITH D,L-ALPHA-GLYCEROL-3-PHOSPHATE | ||||||
![]() | (TRYPTOPHAN SYNTHASE ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / CARBON-OXYGEN LYASE / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weyand, M. / Schlichting, I. / Marabotti, A. / Mozzarelli, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the beta Ser178--> Pro mutant of tryptophan synthase. A "knock-out" allosteric enzyme. 著者: Weyand, M. / Schlichting, I. / Herde, P. / Marabotti, A. / Mozzarelli, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 524.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-TRYPTOPHAN SYNTHASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42797.723 Da / 分子数: 1 / Mutation: S178P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 661分子 ![](data/chem/img/13P.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-13P / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→45.6 Å / Num. obs: 111900 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.991 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 2.045 % / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(I): -3 / Num. measured all: 289431 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QOP 解像度: 1.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.526 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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