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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k4s | ||||||
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タイトル | HUMAN DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX | ||||||
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![]() | ISOMERASE/DNA / Complex (ISOMERASE-DNA) / DNA / Topoisomerase I / ISOMERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / protein-DNA complex / circadian regulation of gene expression / P-body / fibrillar center / circadian rhythm / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / perikaryon / DNA replication / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Staker, B.L. / Hjerrild, K. / Feese, M.D. / Behnke, C.A. / Burgin Jr., A.B. / Stewart, L.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The mechanism of topoisomerase I poisoning by a camptothecin analog 著者: Staker, B.L. / Hjerrild, K. / Feese, M.D. / Behnke, C.A. / Burgin Jr., A.B. / Stewart, L.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 400 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3284.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4138.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 7721.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: タンパク質 | 分子量: 70248.023 Da / 分子数: 1 Fragment: Core Domain and C-Terminal Domain, Residues 174-765 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11387, DNA topoisomerase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, Tris-HCl, Na/K Phosphate, KCl, DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 18471 / Num. obs: 18471 / % possible obs: 85.9 % / Rsym value: 0.13 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 69.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 17874 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1A36 解像度: 3.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.217 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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