PDB-1k2x: Crystal structure of putative asparaginase encoded by Escherichia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1k2x

タイトル

Crystal structure of putative asparaginase encoded by Escherichia coli ybiK gene

要素

(Putative L-asparaginase) x 2

キーワード

HYDROLASE / Ntn Hydrolase / Asparginase / Autoproteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Borek, D. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Crystal packing of plant-type L-asparaginase from Escherichia coli.
著者: Michalska, K. / Borek, D. / Hernandez-Santoyo, A. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2001年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1k2x.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1k2x.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1k2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jn9C 2zakC 2gawS 1apy 1apz 1ayy 2gac 9gaa 9gac 9gaf C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t3m-d 1jn9-d 2zal-d 7da2-d 4et0-d 4o47-d 4o0e-d 2j5c-1 3lgx-3 2zak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative L-asparaginase

B: Putative L-asparaginase

C: Putative L-asparaginase

D: Putative L-asparaginase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.296, 77.624, 148.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a heterotetramer generated by non-crystallographical symmetry from two alpha+beta heterodimers.

#1: タンパク質	Putative L-asparaginase / E.C.3.5.1.1 / L-asparagine Amidohydrolase 分子量: 18958.693 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINUS (RESIDUES 2-178) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybiK / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P37595, asparaginase
#2: タンパク質	Putative L-asparaginase / E.C.3.5.1.1 / L-asparagine Amidohydrolase 分子量: 14428.146 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINUS (RESIDUES 179-321) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybiK / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P37595, asparaginase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.18 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, PEG 400, magnesium chloride, Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	0.2 M		1	reservoir	MgCl2
2	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
3	15 %	PEG400	1	reservoir
4	20 %	PEG4000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.0442 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月4日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0442 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 70249 / Num. obs: 70249 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GAW, polyalanine model

2gaw

解像度: 1.65→19.5 Å / SU B: 2.286 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19836	1064	1.5 %	RANDOM
R_work	0.16295	-	-	-
obs	0.16349	69077	99.52 %	-
all	-	69077	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.088 Å	0.085 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4240	0	11	575	4826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.971	5859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	3	9424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.992	3	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.832	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.3	0.3	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.3	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.821	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.162	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.223	0.3	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.08	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.529	1.5	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.011	2	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.763	3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.961	4.5	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.694 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.261	79
R_work	0.252	4802

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0726	0.2308	-0.4373	0.4093	-0.0001	1.6544	0.0182	-0.2098	0.0245	0.1009	-0.064	-0.0305	0.0311	0.0987	0.0458	0.0497	-0.0154	0.0022	0.0832	-0.0063	0.0656	48.77	82.54	134.764
2	0.839	0.2658	0.2511	0.6654	-0.054	1.4127	0.0331	-0.1802	0.0305	0.0865	-0.0278	0.0605	0.0996	-0.2422	-0.0053	0.0541	-0.0198	0.0227	0.1155	-0.0053	0.0597	34.03	78.131	132.632
3	0.7269	0.027	0.0823	0.9124	0.2959	0.7202	-0.0131	0.064	-0.0624	-0.0627	0.0425	-0.0374	-0.0374	0.0736	-0.0294	0.0253	-0.0034	0.0112	0.0447	-0.0067	0.0574	46.093	70.446	102.601
4	0.6971	-0.1248	-0.0708	0.734	0.1053	0.7165	-0.0096	0.0356	-0.0211	-0.0507	-0.0163	0.1038	-0.0474	-0.0737	0.0259	0.0241	-0.0013	-0.0051	0.0374	-0.0049	0.0568	32.284	76.88	106.476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 157	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	179 - 313	1 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 157	1 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	179 - 313	1 - 135

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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