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- PDB-2zak: Orthorhombic crystal structure of precursor E. coli isoaspartyl p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2zak | ||||||
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Title | Orthorhombic crystal structure of precursor E. coli isoaspartyl peptidase/L-asparaginase (EcAIII) with active-site T179A mutation | ||||||
![]() | L-asparaginase precursor | ||||||
![]() | HYDROLASE / isoaspartyl peptidase / asparaginase / Ntn-hydrolase / autoproteolysis / precursor | ||||||
Function / homology | ![]() beta-aspartyl-peptidase / asparagine catabolic process via L-aspartate / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Hernandez-Santoyo, A. / Jaskolski, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal packing of plant-type L-asparaginase from Escherichia coli Authors: Michalska, K. / Borek, D. / Hernandez-Santoyo, A. / Jaskolski, M. #1: ![]() Title: Crystal structure of isoaspartyl aminopeptidase in complex with L-aspartate Authors: Michalska, K. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M. #2: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2000 Title: Crystallization and preliminary crystallographic studies of a new L-asparaginase encoded by the Escherichia coli genome Authors: Borek, D. / Jaskolski, M. #3: ![]() Title: Crystal structure of plant asparaginase Authors: Michalska, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M. #4: Journal: Nature / Year: 1995 Title: A protein catalytic framework with an N-terminal nucleophile is capable of self-activation Authors: Brannigan, J.A. / Dodson, G. / Duggleby, H.J. / Moody, P.C. / Smith, J.L. / Tomchick, D.R. / Murzin, A.G. #5: ![]() Title: Structure of the isoaspartyl peptidase with L-asparaginase activity from Escherichia coli Authors: Prahl, A. / Pazgier, M. / Hejazi, M. / Lockau, W. / Lubkowski, J. #6: ![]() Title: Structural insights into the mechanism of intramolecular proteolysis Authors: Xu, Q. / Buckley, D. / Guan, C. / Guo, H.-C. #7: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1998 Title: Characterization and functional analysis of the cis-autoproteolysis active center of glycosylasparaginase Authors: Guan, C. / Liu, Y. / Shao, Y. / Cui, T. / Liao, W. / Ewel, A. / Whitaker, R. / Paulus, H. #8: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1998 Title: Activation and oligomerization of aspartylglucosaminidase Authors: Saarela, J. / Laine, M. / Tikkanen, R. / Oinonen, C. / Jalanko, A. / Rouvinen, J. / Peltonen, L. #9: ![]() Title: A dual role for an aspartic acid in glycosylasparaginase autoproteolysis Authors: Qian, X. / Guan, C. / Guo, H.-C. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1jn9C ![]() 1k2xSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33262.676 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T179A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Description: The N-terminal methionine has been removed by an intracellular aminopeptidase (E. COLI). Gene: ybiK (iaaA) / Plasmid: pET11d / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 200mM MgCl2, 100mM Tris/HCl, 15% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→25 Å / Num. all: 38010 / Num. obs: 38010 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 69.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1K2X Resolution: 2.01→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 10.862 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.184 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET. THE REFINEMENT INCLUDED TLS PARAMETERS. THE RESIDUES 164-177 AND 314-321 FROM CHAIN A AS WELL AS 159-177 AND 314-321 ...Details: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET. THE REFINEMENT INCLUDED TLS PARAMETERS. THE RESIDUES 164-177 AND 314-321 FROM CHAIN A AS WELL AS 159-177 AND 314-321 FROM CHAIN B WERE NOT MODELED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.628 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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