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万見
- PDB-1jzu: Cell transformation by the myc oncogene activates expression of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzu
タイトルCell transformation by the myc oncogene activates expression of a lipocalin: analysis of the gene (Q83) and solution structure of its protein product
要素lipocalin Q83
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BETA BARREL / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oleic acid binding / enterobactin binding / arachidonate binding / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular fatty acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coturnix coturnix (ウズラ)
手法溶液NMR / ARIA, CNS automated refinement using also ambiguous NOE distance constraints; simulated annealing (torsion angle dynamics)
データ登録者Hartl, M. / Matt, T. / Schueler, W. / Siemeister, G. / Kontaxis, G. / Kloiber, K. / Konrat, R. / Bister, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Cell Transformation by the v-myc Oncogene Abrogates c-Myc/Max-mediated Suppression of a C/EBPbeta-dependent Lipocalin Gene.
著者: Hartl, M. / Matt, T. / Schueler, W. / Siemeister, G. / Kontaxis, G. / Kloiber, K. / Konrat, R. / Bister, K.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Sequence-Specific Resonance Assignments of Q83, a Lipocalin Highly Expressed in v-myc-Transformed Avian Fibroblasts
著者: Kontaxis, G. / Matt, T. / Schueler, W. / Kraeutler, B. / Bister, K. / Konrat, R.
履歴
登録2001年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lipocalin Q83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1051
ポリマ－18,1051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #15closest to the average

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要素

#1: タンパク質 lipocalin Q83


分子量: 18104.734 Da / 分子数: 1 / 変異: A1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coturnix coturnix (ウズラ) / プラスミド: pET3d-Q83 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9I9P7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D (H)CCH-TOCSY
1213D CCH-TOCSY-NNH
1313D NOESY-HSQC:(two 13C,Ca/methyl-centered,15N)
1413D HNHA
151Cross-correlated relaxation rates Ca(i)Ha(i)-DD/C'(i)-CSA
161Cross-correlated relaxation rates Ca(i)Ha(i)-DD/C'(i-1)-CSA

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試料調製

詳細内容: 3mM lipocalin Q83 U-15N,13C; 20 mM potassium phosphate; 50 mM potassium chloride; 0.5mM dithiothreitol; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM potassium phosphate; 50mM potassium chloride; 0.5mM dithiothreitol
pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 299 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1 Rev BVarian Associates, Inc.collection
NMRPipe1.8 Rev 2001.030.21.27Delaglio解析
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
NMRView4.1.3Johnson (Merck and Co., Inc.)データ解析
ARIA/CNS1Linge, Nilges, Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: ARIA, CNS automated refinement using also ambiguous NOE distance constraints; simulated annealing (torsion angle dynamics)
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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