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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzu | ||||||
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タイトル | Cell transformation by the myc oncogene activates expression of a lipocalin: analysis of the gene (Q83) and solution structure of its protein product | ||||||
![]() | lipocalin Q83 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / BETA BARREL / LIPOCALIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() oleic acid binding / enterobactin binding / arachidonic acid binding / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / ARIA, CNS automated refinement using also ambiguous NOE distance constraints; simulated annealing (torsion angle dynamics) | ||||||
![]() | Hartl, M. / Matt, T. / Schueler, W. / Siemeister, G. / Kontaxis, G. / Kloiber, K. / Konrat, R. / Bister, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cell Transformation by the v-myc Oncogene Abrogates c-Myc/Max-mediated Suppression of a C/EBPbeta-dependent Lipocalin Gene. 著者: Hartl, M. / Matt, T. / Schueler, W. / Siemeister, G. / Kontaxis, G. / Kloiber, K. / Konrat, R. / Bister, K. #1: ![]() タイトル: Sequence-Specific Resonance Assignments of Q83, a Lipocalin Highly Expressed in v-myc-Transformed Avian Fibroblasts 著者: Kontaxis, G. / Matt, T. / Schueler, W. / Kraeutler, B. / Bister, K. / Konrat, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 978.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 846.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 628.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 127.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18104.734 Da / 分子数: 1 / 変異: A1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 3mM lipocalin Q83 U-15N,13C; 20 mM potassium phosphate; 50 mM potassium chloride; 0.5mM dithiothreitol; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 20mM potassium phosphate; 50mM potassium chloride; 0.5mM dithiothreitol pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 299 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: ARIA, CNS automated refinement using also ambiguous NOE distance constraints; simulated annealing (torsion angle dynamics) ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |