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万見
- PDB-6r82: Crystal structure of the TLDc domain of Skywalker/TBC1D24 from Dr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r82
タイトルCrystal structure of the TLDc domain of Skywalker/TBC1D24 from Drosophila melanogaster
要素GTPase-activating protein skywalker
キーワードUNKNOWN FUNCTION / tldc domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / synaptic vesicle endosomal processing / vesicle-mediated transport in synapse / negative regulation of neurotransmitter secretion / neuromuscular synaptic transmission / GTPase activator activity / neuromuscular junction / neuron projection development / terminal bouton ...negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / synaptic vesicle endosomal processing / vesicle-mediated transport in synapse / negative regulation of neurotransmitter secretion / neuromuscular synaptic transmission / GTPase activator activity / neuromuscular junction / neuron projection development / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / chemical synaptic transmission / postsynapse / endosome membrane / synapse / lipid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase-activating protein skywalker
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.046 Å
データ登録者Fischer, B. / Paesmans, J. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders ベルギー
引用ジャーナル: Brain / 年: 2019
タイトル: TBC1D24-TLDc-related epilepsy exercise-induced dystonia: rescue by antioxidants in a disease model.
著者: Luthy, K. / Mei, D. / Fischer, B. / De Fusco, M. / Swerts, J. / Paesmans, J. / Parrini, E. / Lubarr, N. / Meijer, I.A. / Mackenzie, K.M. / Lee, W.T. / Cittaro, D. / Aridon, P. / Schoovaerts, ...著者: Luthy, K. / Mei, D. / Fischer, B. / De Fusco, M. / Swerts, J. / Paesmans, J. / Parrini, E. / Lubarr, N. / Meijer, I.A. / Mackenzie, K.M. / Lee, W.T. / Cittaro, D. / Aridon, P. / Schoovaerts, N. / Versees, W. / Verstreken, P. / Casari, G. / Guerrini, R.
履歴
登録2019年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase-activating protein skywalker
B: GTPase-activating protein skywalker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1472
ポリマ－43,1472
非ポリマー00
水2,144119
1
A: GTPase-activating protein skywalker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5731
ポリマ－21,5731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase-activating protein skywalker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5731
ポリマ－21,5731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.483, 89.483, 135.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GTPase-activating protein skywalker


分子量: 21573.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sky, CG9339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VIH7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.5 and 0.6M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.046→42.38 Å / Num. obs: 35238 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.046→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.972 / Num. unique obs: 5519 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ACJ

4acj


解像度: 2.046→38.369 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1762 5 %
Rwork0.1948 --
obs0.1963 35235 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.046→38.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 0 119 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8673949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3021676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0465-2.10180.37451300.3142467X-RAY DIFFRACTION98
2.1018-2.16360.33121330.26592524X-RAY DIFFRACTION100
2.1636-2.23350.26561330.24782533X-RAY DIFFRACTION100
2.2335-2.31330.24351350.22812551X-RAY DIFFRACTION100
2.3133-2.40590.25891330.21882536X-RAY DIFFRACTION100
2.4059-2.51530.26731350.20662551X-RAY DIFFRACTION100
2.5153-2.64790.3171340.22742554X-RAY DIFFRACTION100
2.6479-2.81380.27651350.22312565X-RAY DIFFRACTION100
2.8138-3.0310.26521360.23422576X-RAY DIFFRACTION100
3.031-3.33580.26831360.22322586X-RAY DIFFRACTION100
3.3358-3.81810.23011360.1862593X-RAY DIFFRACTION100
3.8181-4.8090.15191400.15432649X-RAY DIFFRACTION100
4.809-38.37610.18611460.16522788X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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