+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bwq | ||||||
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Title | Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / NEURODEGENERATIVE DISORDERS | ||||||
Function / homology | Function and homology information neuronal ribonucleoprotein granule / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of dendrite morphogenesis / spliceosomal complex assembly / cellular response to exogenous dsRNA / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / positive regulation of type I interferon production ...neuronal ribonucleoprotein granule / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of dendrite morphogenesis / spliceosomal complex assembly / cellular response to exogenous dsRNA / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / positive regulation of type I interferon production / U5 snRNP / ribonucleoprotein complex binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / double-stranded DNA binding / defense response to virus / transcription coactivator activity / nuclear body / nuclear speck / cell cycle / cell division / innate immune response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Morimoto, T. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2014 Title: Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd. Authors: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bwq.cif.gz | 267.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bwq.ent.gz | 219.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bwq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4bwsC 4cdoC 1qgvS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16743.229 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 4-137 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: P83876 #2: Protein/peptide | Mass: 4606.055 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 223-265 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: O60828 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 42 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARRSEARCH / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→39.52 Å / Num. obs: 42475 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QGV Resolution: 2.1→38.54 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→38.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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