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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4bwq | ||||||
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| Title | Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / NEURODEGENERATIVE DISORDERS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationneuronal ribonucleoprotein granule / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of dendrite morphogenesis / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of RNA splicing / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP ...neuronal ribonucleoprotein granule / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of dendrite morphogenesis / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of RNA splicing / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / positive regulation of type I interferon production / ribonucleoprotein complex binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of defense response to virus by host / mRNA Splicing - Major Pathway / activation of innate immune response / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / neuron projection development / cytoplasmic stress granule / microtubule cytoskeleton / double-stranded DNA binding / defense response to virus / transcription coactivator activity / nuclear speck / nuclear body / cilium / ciliary basal body / innate immune response / cell division / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Morimoto, T. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2014Title: Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd. Authors: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4bwq.cif.gz | 267.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4bwq.ent.gz | 219.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4bwq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4bwq_validation.pdf.gz | 476.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4bwq_full_validation.pdf.gz | 480.4 KB | Display | |
| Data in XML | 4bwq_validation.xml.gz | 25.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4bwq_validation.cif.gz | 36.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4bwsC ![]() 4cdoC ![]() 1qgvS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16743.229 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 4-137 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4606.055 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 223-265 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 42 % / Description: NONE |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: MARRSEARCH / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→39.52 Å / Num. obs: 42475 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1QGV Resolution: 2.1→38.54 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→38.54 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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