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- PDB-1tjn: Crystal structure of hypothetical protein af0721 from Archaeoglob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tjn
タイトルCrystal structure of hypothetical protein af0721 from Archaeoglobus fulgidus
要素Sirohydrochlorin cobaltochelatase
キーワードLYASE / af0721 / APC5049 / Midwest Consortium for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / A. fulgidus / structural genomics / PSI / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / tetrapyrrole binding / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
Sirohydrochlorin cobaltochelatase / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sirohydrochlorin cobaltochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Yin, J. / Xu, X.L. / Cuff, M. / Walker, J.R. / Edwards, A. / Savchenko, A. / James, M.N.G. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of af0721: a hypothetical protein bearing sequence similarity with class II chelatases in cobalamin synthesis
著者: Yin, J. / Xu, X.L. / Cuff, M. / Walker, J.R. / Edwards, A. / Savchenko, A. / James, M.N.G.
履歴
登録2004年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE THE RESIDUES IN THE N-TERMINAL FUSION TAG WERE NOT VISIBLE IN THE DENSITY MAPS, NOR WERE ...SEQUENCE THE RESIDUES IN THE N-TERMINAL FUSION TAG WERE NOT VISIBLE IN THE DENSITY MAPS, NOR WERE THE ADDITIONAL GS RESIDUES AT THE C-TERMINUS. THE AUTHORS SUSPECT THAT PRIOR TO CRYSTALIZATION, SOME SORT OF AUTOCLEAVAGE OCCURED AT THE BOUNDARY BETWEEN THE N-TERMINAL TAG AND THE NATIVE STARTING CODON. THEY NOTICED THIS PHENOMENON FOR A NUMBER OF OTHER PROTEINS THEY EXPRESSED IN A FUSION FORM CONTAINING THE TeV CLEAVAGE SITE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8471
ポリマ－17,8471
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3894
ポリマ－71,3894
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.460, 102.460, 59.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / hypothetical protein from Archaeoglobus fulgidus


分子量: 17847.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: CBIX, AF0721 / プラスミド: pET15b / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star / 参照: UniProt: O29537, sirohydrochlorin cobaltochelatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.54 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.9 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, 4% MPD, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979238 / 波長: 0.979374,0.979238,0.964108
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9792381
20.9793741
30.9641081
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 10173 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.01→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 5.202 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26006 448 5.1 %RANDOM
Rwork0.21725 ---
all0.236 9278 --
obs0.21952 9264 85.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.264 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1008 0 0 75 1083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.9561383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2715124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12522.15751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85615186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1381512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8291.5639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4182998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8143434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9844.5385
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 41 -
Rwork0.239 612 -
obs-612 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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