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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jwa | ||||||
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タイトル | Structure of the ATP-bound MoeB-MoaD Protein Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / MoeB: modified Rossmann fold / MoaD: ubiquitin-like fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / molybdopterin adenylyltransferase complex / molybdopterin synthase complex / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / nucleotide binding ... molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / molybdopterin adenylyltransferase complex / molybdopterin synthase complex / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / nucleotide binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lake, M.W. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Mechanism of ubiquitin activation revealed by the structure of a bacterial MoeB-MoaD complex. 著者: Lake, M.W. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jwa.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jwa.ent.gz | 51.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jwa_validation.pdf.gz | 755.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jwa_full_validation.pdf.gz | 766.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jwa_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jwa_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a heterodimer comprised of (1) molecule of MoeB and (1) molecule of MoaD. The heterotetramer is generated by applying: -y+1,-x+1,1/2-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26741.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MoeB / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12282 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8764.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MoaD / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30748 |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Lithium Sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 7355 / Num. obs: 7355 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: REFMAC Dictionary
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.754 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.1 % / Rfactor obs: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |