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- PDB-6vw7: Formate Dehydrogenase FdsABG subcomplex FdsBG from C. necator - N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vw7
タイトルFormate Dehydrogenase FdsABG subcomplex FdsBG from C. necator - NADH bound
要素(NAD-dependent formate dehydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / thioredoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


formate dehydrogenase / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADP-reducing hydrogenase subunit HndA / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / de novo design (two linked rop proteins) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. ...NADP-reducing hydrogenase subunit HndA / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / de novo design (two linked rop proteins) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Formate dehydrogenase beta subunit / Formate dehydrogenase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Young, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0010666 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and kinetic analyses of the FdsBG subcomplex of the cytosolic formate dehydrogenase FdsABG fromCupriavidus necator.
著者: Young, T. / Niks, D. / Hakopian, S. / Tam, T.K. / Yu, X. / Hille, R. / Blaha, G.M.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
B: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
C: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
D: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,37912
ポリマ－148,0804
非ポリマー3,2988
水12,845713
1
A: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
B: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6896
ポリマ－74,0402
非ポリマー1,6494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
2
C: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
D: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6896
ポリマ－74,0402
非ポリマー1,6494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.656, 127.050, 99.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...
21(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...
12(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...
22(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEARGARG(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA52 - 5453 - 55
121ALAALAALAALA(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA5556
131ALAALAARGARG(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA11 - 16012 - 161
141ALAALAARGARG(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA11 - 16012 - 161
151ALAALAARGARG(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA11 - 16012 - 161
161ALAALAARGARG(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...AA11 - 16012 - 161
211ILEILEARGARG(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC52 - 5453 - 55
221ALAALAALAALA(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC5556
231ASPASPSERSER(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC12 - 16213 - 163
241ASPASPSERSER(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC12 - 16213 - 163
251ASPASPSERSER(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC12 - 16213 - 163
261ASPASPSERSER(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...CC12 - 16213 - 163
112ILEILEVALVAL(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...BB4 - 384 - 38
122ARGARGARGARG(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...BB3939
132ILEILEALAALA(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...BB2 - 5132 - 513
142ILEILEALAALA(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...BB2 - 5132 - 513
152ILEILEALAALA(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...BB2 - 5132 - 513
212ILEILEVALVAL(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...DD4 - 384 - 38
222ARGARGARGARG(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...DD3939
232METMETSERSER(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...DD1 - 5141 - 514

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
NAD-dependent formate dehydrogenase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit


分子量: 18747.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: fdsG, H16_A0640 / プラスミド: pTrc12HLB-FdsGBCD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KDY3, formate dehydrogenase
#2: タンパク質 NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit


分子量: 55292.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: fdsB, H16_A0641 / プラスミド: pTrc12HLB-FdsBGCD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KDY2, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 721分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2-propanol, ammonium sulfate, HEPES-NaOH, in an anaerobic chamber

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11931N
21931N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211.00001
シンクロトロンAPS 24-ID-E21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2019年12月4日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2019年11月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000011
211
反射解像度: 2→48.56 Å / Num. obs: 93063 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 475014 / Scaling rejects: 35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.035.30.4262434146070.9360.2070.4743.9100
10.95-48.565.10.03930275900.9980.0180.04339.498.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→48.534 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 2982 3.22 %
Rwork0.1586 89617 -
obs0.1598 92599 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.57 Å2 / Biso mean: 35.4504 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9907 0 140 713 10760
Biso mean--44.14 41.64 -
残基数----1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96814146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6676128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071862
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1128X-RAY DIFFRACTION6.048TORSIONAL
12C1128X-RAY DIFFRACTION6.048TORSIONAL
21B4466X-RAY DIFFRACTION6.048TORSIONAL
22D4466X-RAY DIFFRACTION6.048TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.03280.24721370.2073410597
2.0328-2.06780.25141520.19744257100
2.0678-2.10540.22371420.18764262100
2.1054-2.14590.21251500.17534257100
2.1459-2.18970.23981490.17354281100
2.1897-2.23740.19651400.16514266100
2.2374-2.28940.20591290.16644247100
2.2894-2.34670.22721540.15634245100
2.3467-2.41010.20231450.16424265100
2.4101-2.4810.18871300.16184277100
2.481-2.56110.20381490.16324260100
2.5611-2.65260.20171480.16194271100
2.6526-2.75880.24741500.174274100
2.7588-2.88440.20951380.17114277100
2.8844-3.03640.21081150.16994284100
3.0364-3.22660.2011420.174273100
3.2266-3.47570.20731490.16464270100
3.4757-3.82530.2071470.14644300100
3.8253-4.37860.15721290.13054314100
4.3786-5.51530.16281390.13974287100
5.5153-48.5340.1911480.15624345100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68050.1391-0.30131.1622-0.47311.10360.0432-0.3566-0.1220.2658-0.1493-0.1339-0.00050.37770.05710.26460.0197-0.01120.34370.06140.241635.7192-28.630710.2905
20.9438-0.1044-0.32580.61960.0870.9390.0684-0.00960.0121-0.1394-0.0443-0.1079-0.05760.17980.0530.31350.00410.02320.17280.02180.270227.5499-19.1543-8.7665
30.91370.3829-0.44282.2009-0.63161.39720.13980.03870.1297-0.0553-0.0368-0.469-0.2370.2891-0.05530.3208-0.0520.07410.242-0.04830.349918.448421.276541.5565
40.8777-0.0075-0.68650.54380.3641.98430.03440.23870.05550.0697-0.0190.06590.0657-0.4438-0.03240.2149-0.04720.01480.2471-0.01050.246-2.690213.453341.4722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA11 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 513
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC12 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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