PDB-1jw3: Solution Structure of Methanobacterium Thermoautotrophicum Protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jw3

タイトル

Solution Structure of Methanobacterium Thermoautotrophicum Protein 1598. Ontario Centre for Structural Proteomics target MTH1598_1_140; Northeast Structural Genomics Target TT6

要素

Conserved Hypothetical Protein MTH1598

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / MTH1598 / hypothetical protein / Protein Structure Initiative / OCSP / NESG / beta-alpha-beta sandwich fold / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Chang, X. / Connelly, G. / Yee, A. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: An NMR approach to structural proteomics.
著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / ...

履歴

登録	2001年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jw3.cif.gz	439.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jw3.ent.gz	363.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jw3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1jcuC 1jdqC 1je3C 1jrmC 1jw2C 1ryjC 1rykC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5teb-6 5tec-1 2b7j-1 3g9b-d 2b7j-3 3jzt-4 5x1x-d 3f59-3 2zjd-6 7dih-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT6

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved Hypothetical Protein MTH1598

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	Conserved Hypothetical Protein MTH1598 分子量: 16202.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 参照: UniProt: O27635

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	4D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM MTH1598 U-15N,13C / 溶媒系: 300 mM NaCl,10 mM Phosphate, 10% D2O, pH 6.5
試料状態	イオン強度: 300 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	3
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2000.02.14	Delagio	解析
Sparky	3.95	Goddard	データ解析
CNS	1	Brunger	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1347 restraints, 1157 are NOE-derived distance constraints, 190 dihedral angle restraints.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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