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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jvo | ||||||
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タイトル | Azurin dimer, crosslinked via disulfide bridge | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / cupredoxin / electron transfer / covalent crosslink | ||||||
機能・相同性 | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Amsterdam, I.M.C. / Ubbink, M. / Einsle, O. / Messerschmidt, A. / Merli, A. / Cavazzini, D. / Rossi, G.L. / Canters, G.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dramatic modulation of electron transfer in protein complexes by crosslinking 著者: van Amsterdam, I.M.C. / Ubbink, M. / Einsle, O. / Messerschmidt, A. / Merli, A. / Cavazzini, D. / Rossi, G.L. / Canters, G.W. #1: ![]() タイトル: Effects of Dimerization on Protein Electron Transfer 著者: van Amsterdam, I.M.C. / Ubbink, M. / Jeuken, L.J.C. / Verbeet, M.P. / Einsle, O. / Messerschmidt, A. / Canters, G.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | FOUR MONOMERS GENERATE A TETRAMER ACTIVE IN INTERMOLECULAR ELECTRON TRANSFER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THREE SUCH TETRAMERS. PROGRAM PISA DOES NOT PREDICT THOSE ASSEMBLIES BECAUSE THE INDIVIDUAL INTERMOLECULAR DISULFIDE BOND DOES NOT CREATE SUFFICIENT BURIED AREA. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13950.839 Da / 分子数: 12 / 断片: Azurin / 変異: N42C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 293K, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 41247 / Num. obs: 35555 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 60.1 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3588 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 88.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 42605 / Rmerge(I) obs: 0.108 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.4 % / Rmerge(I) obs: 0.484 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.239 / Rfactor Rfree: 0.293 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.34 |