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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a8j | ||||||
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Title | Crystal structure of bacterial protein toxins | ||||||
![]() | RTX toxin | ||||||
![]() | TOXIN / protein toxin / virulence | ||||||
Function / homology | Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / RTX toxin![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, M.H. / Hwang, J. / Jang, S.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of inactivation of Ras and Rap1 small GTPases by Ras/Rap1-specific endopeptidase from the sepsis-causing pathogenVibrio vulnificus Authors: Jang, S.Y. / Hwang, J. / Kim, B.S. / Lee, E.Y. / Oh, B.H. / Kim, M.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 728 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 607.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 486.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 498 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 86.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 52650.047 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | The sequence has been deposited to database with accession number WP_011081430. N-terminal residues ...The sequence has been deposited to database with accession number WP_011081430. N-terminal residues GAMA are from expression tag. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 12% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 135922 / % possible obs: 94.52 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 17.27 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.71 Å |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.711→31.706 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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