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- PDB-1ju6: Human Thymidylate Synthase Complex with dUMP and LY231514, A Pyrr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ju6
タイトルHuman Thymidylate Synthase Complex with dUMP and LY231514, A Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / antifolate / dTMP synthesis / drug resistance / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LYA / PHOSPHATE ION / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Sayre, P.H. / Finer-Moore, J.S. / Fritz, T.A. / Biermann, D. / Gates, S.B. / MacKellar, W.C. / Patel, V.F. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Multi-targeted antifolates aimed at avoiding drug resistance form covalent closed inhibitory complexes with human and Escherichia coli thymidylate synthases.
著者: Sayre, P.H. / Finer-Moore, J.S. / Fritz, T.A. / Biermann, D. / Gates, S.B. / MacKellar, W.C. / Patel, V.F. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Human Thymidylate Synthase: A Structural Mechanism for Guiding Substrates into the Active Site
著者: Schiffer, C.A. / Clifton, I.J. / Davisson, V.J. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
履歴
登録2001年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,97713
ポリマ－142,9394
非ポリマー3,0379
水86548
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0367
ポリマ－71,4702
非ポリマー1,5665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
2
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9416
ポリマ－71,4702
非ポリマー1,4714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.138, 69.633, 73.958
Angle α, β, γ (deg.)71.67, 85.72, 75.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
THYMIDYLATE SYNTHASE / TS


分子量: 35734.859 Da / 分子数: 4 / 変異: R46E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGCHTS-TAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-LYA / 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID / LY231514 / ペメトレキセド


分子量: 427.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O6 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG-monomethyl ether 5000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, KCL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1103.21
2103.21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1997年9月1日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE1997年9月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→23 Å / Num. all: 24659 / Num. obs: 24659 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: thymidylate synthase portion of the Leishmania major DHFR-TS bifunctional enzyme

解像度: 2.89→22.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 173248.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 1 through 27 in each chain are disordered and were not included in refinement. All four monomers in the asymmetric unit were initially constrained to have equivalent structures. NCS ...詳細: Residues 1 through 27 in each chain are disordered and were not included in refinement. All four monomers in the asymmetric unit were initially constrained to have equivalent structures. NCS constraints were relaxed to restraints in the final cycles of refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2315 9.9 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.239 23376 83.8 %-
all-23376 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.305 Å2 / ksol: 0.361834 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å2-1.99 Å26.33 Å2
2---4.36 Å2-1.09 Å2
3---2.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→22.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9236 0 209 48 9493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 323 10.3 %
Rwork0.324 2826 -
obs--67.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LY231514.PARLY231514.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAMED.LIGTOPO_COVALENT.DUMP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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