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万見
- PDB-1jrm: NMR structure of MTH0637. Ontario Centre for Structural Proteomic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jrm
タイトルNMR structure of MTH0637. Ontario Centre for Structural Proteomics target MTH0637_1_104; Northeast Structural Genomics Target TT135
要素CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN mth637
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / OCSP / NESG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP00251 / Conserved Hypothetical Protein Mth637; Chain: A; / YggU-like / Protein of unknown function DUF167 / YggU-like superfamily / Uncharacterised ACR, YggU family COG1872 / DUF167 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0235 protein MTH_637
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pineda-Lucena, A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: An NMR approach to structural proteomics.
著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / ...著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / Liao, J. / Finak, G. / Chen, L. / Wishart, D. / Lee, W. / McIntosh, L.P. / Gehring, K. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2001年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN mth637


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8491
ポリマ－11,8491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN mth637 / MTH0637


分子量: 11848.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26734

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CB
121CBCA(CO)NH
131CCC-TOCSY-NNH
141(H)CCH-TOCSY
1513D 13C-separated NOESY
1613D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1mM MTH0637 U-15N,13C; 25mM phosphate buffer, 450 mM NaCl, 10 mM DTT, 20 uM Zn2+, 1 mM benzamidine, pH 6.5
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 450 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipever 1.8, 2001.030.21.27Delaglio解析
DYANAver 1.5Guentert構造決定
DYANAVER 1.5GUENTERT精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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