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万見
- PDB-1jr1: Crystal structure of Inosine Monophosphate Dehydrogenase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jr1
タイトルCrystal structure of Inosine Monophosphate Dehydrogenase in complex with Mycophenolic Acid
要素Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / IMPD / IMPDH / GUANINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS / MYCOPHENOLIC ACID / MPA
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / circadian rhythm / nucleotide binding / metal ion binding ...'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / circadian rhythm / nucleotide binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / : / MYCOPHENOLIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sintchak, M.D. / Fleming, M.A. / Futer, O. / Raybuck, S.A. / Chambers, S.P. / Caron, P.R. / Murcko, M.A. / Wilson, K.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Structure and mechanism of inosine monophosphate dehydrogenase in complex with the immunosuppressant mycophenolic acid.
著者: Sintchak, M.D. / Fleming, M.A. / Futer, O. / Raybuck, S.A. / Chambers, S.P. / Caron, P.R. / Murcko, M.A. / Wilson, K.P.
履歴
登録2001年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
B: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3378
ポリマ－111,9222
非ポリマー1,4156
水3,639202
1
A: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,67516
ポリマ－223,8444
非ポリマー2,83112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area22920 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area60710 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,67516
ポリマ－223,8444
非ポリマー2,83112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area24240 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area46850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.6, 110.6, 111.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number75
Space group name H-MP4
詳細the biological assembly is a tetramer generated from chain A in the asymmetric unit by the operations: -x,-y,z; -y,x,z; y,-x,z

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase 2 / IMP DEHYDROGENASE 2 / IMPDH-II / IMPD 2


分子量: 55961.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12269, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#4: 化合物 ChemComp-MOA / MYCOPHENOLIC ACID / 6-(1,3-DIHYDRO-7-HYDROXY-5-METHOXY-4-METHYL-1-OXOISOBENZOFURAN-6-YL)-4-METHYL-4-HEXANOIC ACID / 4-メチル-6-[3-オキソ-7-メチル-4-ヒドロキシ-6-メトキシ-1,3-ジヒドロイソベンゾフラン-5-イル]-(以下略)


分子量: 320.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20O6 / コメント: 薬剤, 免疫抑制剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 6000, LiCl, MES, 1-methyl-2-pyrrolidinone, 2-mercaptoethanol, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
2300 mM1dropKCl
310 %glycerol1drop
42 mM1dropMPA
52 mM2-mercaptoethanol1drop
62 mMEDTA1drop
750 mMTris1drop
810 %PEG60001reservoir
91 M1reservoirLiCl
10100 mMMES1reservoir
115 %(v/v)NMP1reservoir
1240 mM2-mercaptoethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日
放射モノクロメーター: Yale/MSC mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 40314 / Num. obs: 37492 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 5.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / % possible all: 80
反射
*PLUS
% possible obs: 93 % / Num. measured all: 123246 / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 3617 10 %random
Rwork0.217 ---
all-38784 --
obs-36069 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 94 202 6296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.627
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 415 11 %
Rwork0.276 --
obs-3701 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.269
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.317 / % reflection Rfree: 11 % / Rfactor Rwork: 0.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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