ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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COMO | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1WPO (monomer) 解像度: 2.3→19.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 5293688.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.286 | 793 | 7.6 % | RANDOM |
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Rwork | 0.229 | - | - | - |
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all | 0.236 | 38153 | - | - |
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obs | - | 10420 | 91 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.4329 Å2 / ksol: 0.394661 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.16 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 14.63 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -13.47 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.38 Å | 0.28 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.29 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.3 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1336 | 0 | 0 | 42 | 1378 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.86 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.59 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.73 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.15 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.16 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.284 | 118 | 7.5 % |
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Rwork | 0.249 | 1465 | - |
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obs | - | 1070 | 84.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PARAM.DAT | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAM | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor obs: 0.229 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 43.2 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.86 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.249 |
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