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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jpf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of The LCMV Peptidic Epitope Gp276 In Complex With The Murine Class I Mhc Molecule H-2Db | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Ig fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ciatto, C. / Tissot, A.C. / Tschopp, M. / Capitani, G. / Pecorari, F. / Pluckthun, A. / Grutter, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Zooming in on the hydrophobic ridge of H-2D(b): implications for the conformational variability of bound peptides. 著者: Ciatto, C. / Tissot, A.C. / Tschopp, M. / Capitani, G. / Pecorari, F. / Pluckthun, A. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a ternary complex consisting of H-2Db, beta-2 microglobulin, and the peptidic epitope |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32601.303 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1095.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-phase peptide synthesis |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Ammonium phosphate, PEG8000, Tris-HCl, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→30 Å / Num. all: 24648 / Num. obs: 24648 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.23 Å / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 1569 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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