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- PDB-1jnh: Crystal Structure of Fab-Estradiol Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jnh
タイトルCrystal Structure of Fab-Estradiol Complexes
要素
  • monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
  • monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGG FOLD / ANTIBODY-HAPTEN COMPLEX / ESTRADIOL
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL-6 CARBOXYL-METHYL-OXIME / Ig lambda-1 chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Monnet, C. / Bettsworth, F. / Stura, E.A. / Le Du, M.-H. / Menez, R. / Derrien, L. / Zinn-Justin, S. / Gilquin, B. / Sibai, G. / Battail-Poirot, N. ...Monnet, C. / Bettsworth, F. / Stura, E.A. / Le Du, M.-H. / Menez, R. / Derrien, L. / Zinn-Justin, S. / Gilquin, B. / Sibai, G. / Battail-Poirot, N. / Jolivet, M. / Menez, A. / Arnaud, M. / Ducancel, F. / Charbonnier, J.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Highly specific anti-estradiol antibodies: structural characterisation and binding diversity.
著者: Monnet, C. / Bettsworth, F. / Stura, E.A. / Du, M.H. / Menez, R. / Derrien, L. / Zinn-Justin, S. / Gilquin, B. / Sibai, G. / Battail-Poirot, N. / Jolivet, M. / Menez, A. / Arnaud, M. / ...著者: Monnet, C. / Bettsworth, F. / Stura, E.A. / Du, M.H. / Menez, R. / Derrien, L. / Zinn-Justin, S. / Gilquin, B. / Sibai, G. / Battail-Poirot, N. / Jolivet, M. / Menez, A. / Arnaud, M. / Ducancel, F. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2001年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
B: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
C: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
D: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
E: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
F: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
G: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
H: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,56012
ポリマ－185,1228
非ポリマー1,4384
水97354
1
A: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
B: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6403
ポリマ－46,2812
非ポリマー3591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
2
C: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
D: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6403
ポリマ－46,2812
非ポリマー3591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
3
E: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
F: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6403
ポリマ－46,2812
非ポリマー3591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
4
G: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain
H: monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6403
ポリマ－46,2812
非ポリマー3591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.200, 192.900, 71.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab light chain / Fab 10G6 light chain


分子量: 22737.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascetic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01843*PLUS
#2: 抗体
monoclonal anti-estradiol 10G6D6 Fab heavy chain / Fab 10G6 heavy chain


分子量: 23543.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascetic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-ECO / ESTRADIOL-6 CARBOXYL-METHYL-OXIME / 17β-エストラジオ-ル6-(O-カルボキシメチル)オキシム


分子量: 359.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPEG 550, Imidazole Malate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-15 mg/mlprotein1drop
222.5 %(w/w)PEG550 MME1reservoir
3200 mMimidazole-malate1reservoirpH7.0
410 mg/mlFab'1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→40 Å / Num. all: 44407 / Num. obs: 41521 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 60.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 298099
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDN ENTRY: 1mfc & 1gig

1mfc

1gig


解像度: 2.85→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1867 -random
Rwork0.198 ---
all-43946 --
obs-36604 83.3 %-
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12724 0 104 54 12882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.53
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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