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万見
- PDB-1jk6: UNCOMPLEXED DES 1-6 BOVINE NEUROPHYSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jk6
タイトルUNCOMPLEXED DES 1-6 BOVINE NEUROPHYSIN
要素NEUROPHYSIN 2
キーワードNEUROPEPTIDE / NEUROPHYSIN / HORMONE TRANSPORT / HYPOTHALAMUS
機能・相同性
機能・相同性情報


neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / vasoconstriction / neuropeptide hormone activity / secretory granule / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neurophysin II; Chain A / Neurohypophysial hormone domain / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin-neurophysin 2-copeptin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rose, J.P. / Wang, B.-C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structures of an Unliganded Neurophysin and its Vasopressin Complex: Implications for Binding and Allosteric Mechanisms
著者: Wu, C.K. / Hu, B. / Rose, J.P. / Liu, Z.J. / Nguyen, T.L. / Zeng, C. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Neurophysin-Oxytocin Complex
著者: Rose, J.P. / Wu, C.K. / Hsiao, C.D. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Bovine Neurophysin II Dipeptide Complex at 2.8 A Determined from the Single-Wavelength Anomalous Scattering Signal of an Incorporated Iodine Atom
著者: Chen, L.Q. / Rose, J.P. / Breslow, E. / Yang, D. / Chang, W.R. / Furey Jr., W.F. / Sax, M. / Wang, B.C.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Crystals of Modified Bovine Neurophysin II
著者: Rose, J.P. / Yang, D. / Yoo, C.S. / Sax, M. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystals of a Bovine Neurophysin II-Dipeptide Amide Complex
著者: Yoo, C.S. / Wang, B.C. / Sax, M. / Breslow, E.
履歴
登録2001年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPHYSIN 2
C: NEUROPHYSIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4872
ポリマ－18,4872
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.920, 48.920, 78.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 NEUROPHYSIN 2


分子量: 9243.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESIDUES 1-6 REMOVED BY ENZYMATIC CLEAVAGE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01180
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES BUFFER AND 0.05M SODIUM/POTASSIUM PHOSPATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: YALE/MSC
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→999 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteXデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BN2

2bn2


解像度: 2.4→23 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.249 5.2 %RANDOM
Rwork0.218 --
all0.218 --
obs0.218 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 0 43 1159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.01
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARCSDX.PRO / Topol file: TOPCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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