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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jk4 | ||||||
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タイトル | DES 1-6 BOVINE NEUROPHYSIN II COMPLEX WITH VASOPRESSIN | ||||||
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![]() | NEUROPEPTIDE / COMPLEX (HORMONE TRANSPORT-HORMONE) / HYPOTHALAMUS | ||||||
機能・相同性 | ![]() neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / vasoconstriction / secretory granule / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rose, J.P. / Wang, B.-C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of an Unliganded Neurophysin and its Vasopressin Complex: Implications for Binding and Allosteric Mechanisms 著者: Wu, C.K. / Hu, B. / Rose, J.P. / Liu, Z.J. / Nguyen, T.L. / Zeng, C. / Breslow, E. / Wang, B.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Neurophysin-Oxytocin Complex 著者: Rose, J.P. / Wu, C.K. / Hsiao, C.D. / Breslow, E. / Wang, B.C. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Bovine Neurophysin II Dipeptide Complex at 2.8 A Determined from the Single-Wavelength Anomalous Scattering Signal of an Incorporated Iodine Atom 著者: Chen, L.Q. / Rose, J.P. / Breslow, E. / Yang, D. / Chang, W.R. / Furey Jr., W.F. / Sax, M. / Wang, B.C. #3: ![]() タイトル: Crystals of Modified Bovine Neurophysin II 著者: Rose, J.P. / Yang, D. / Yoo, C.S. / Sax, M. / Breslow, E. / Wang, B.C. #4: ![]() タイトル: Crystals of a Bovine Neurophysin II-Dipeptide Amide Complex 著者: Yoo, C.S. / Wang, B.C. / Sax, M. / Breslow, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9243.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Posterior Pituitary gland / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1060.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Bos taurus (bovine). 参照: GenBank: 229092, UniProt: P01180*PLUS | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M sodium formate, 0.1M HEPES, 10% glycerol, 1:5 molar ratio of vasopressin to neurophysin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wu, C.K., (1996) Acta Cryst., D52, 946. / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: YALE/MSC |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→999 Å / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BN2 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARCSDX.PRO / Topol file: TOPCSDX.PRO | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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