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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jji
タイトルThe Crystal Structure of a Hyper-thermophilic Carboxylesterase from the Archaeon Archaeoglobus fulgidus
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta hydrolase fold
機能・相同性Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Carboxylesterase (EstA)
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者De Simone, G. / Menchise, V. / Manco, G. / Mandrich, L. / Sorrentino, N. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of a hyper-thermophilic carboxylesterase from the archaeon Archaeoglobus fulgidus.
著者: De Simone, G. / Menchise, V. / Manco, G. / Mandrich, L. / Sorrentino, N. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C.
#1: ジャーナル: ARCH.BIOCHEM.BIOPHYS. / 年: 2000
タイトル: Cloning, Overexpression and Properties of a New Thermophilic and Termostable Esterase with Sequence Similarity to Hormone-Sensitive Lipase Subfamily from the archaeon Archaeoglobus fulgidus
著者: Manco, G. / Giosue, E. / D'Auria, S. / Herman, P. / Carrea, G. / Rossi, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: A snapshot of the transition state of a novel thermophilic esterase belonging to the subfamily of mammalian hormone-sensitive lipase
著者: De Simone, G. / Galdiero, S. / Manco, G. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C.
履歴
登録2001年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
C: Carboxylesterase
D: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0748
ポリマ－142,1214
非ポリマー9534
水10,106561
1
A: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7682
ポリマ－35,5301
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7682
ポリマ－35,5301
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7682
ポリマ－35,5301
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7682
ポリマ－35,5301
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
C: Carboxylesterase
D: Carboxylesterase
ヘテロ分子

A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
C: Carboxylesterase
D: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,14816
ポリマ－284,2418
非ポリマー1,9068
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area23410 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area85290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.050, 169.050, 104.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質
Carboxylesterase


分子量: 35530.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: PT7-7SCII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28558, carboxylesterase
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 4000, Magnesium acetate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris-HCl1droppH8.3
22.5 mM1dropMgCl2
30.5 mMEDTA1drop
48 mg/mlprotein1drop
515 %(w/v)PEG40001reservoir
60.3 Mmagnesium acetate1reservoir
70.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月28日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 84834 / Num. obs: 84834 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 920049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EVQ

1evq


解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4177 5 %random
Rwork0.203 ---
all-83680 --
obs-83680 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10032 0 56 561 10649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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