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- PDB-1jiw: Crystal structure of the APR-APRin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jiw
タイトルCrystal structure of the APR-APRin complex
要素
  • ALKALINE METALLOPROTEINASE
  • PROTEINASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Pseudomonas aeruginosa alkaline protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


serralysin / negative regulation of complement activation, lectin pathway / metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of sodium ion transport / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / periplasmic space / calcium ion binding / proteolysis ...serralysin / negative regulation of complement activation, lectin pathway / metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of sodium ion transport / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / periplasmic space / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Lipocalin - #10 / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin C terminal ...Protease inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Lipocalin - #10 / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Lipocalin / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serralysin / Proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Hege, T. / Feltzer, R.E. / Gray, R.D. / Baumann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a complex between Pseudomonas aeruginosa alkaline protease and its cognate inhibitor: inhibition by a zinc-NH2 coordinative bond
著者: Hege, T. / Feltzer, R.E. / Gray, R.D. / Baumann, U.
履歴
登録2001年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: ALKALINE METALLOPROTEINASE
I: PROTEINASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,31411
ポリマ－60,9282
非ポリマー3869
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.627, 118.432, 91.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 ALKALINE METALLOPROTEINASE


分子量: 49531.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q03023, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質 PROTEINASE INHIBITOR


分子量: 11396.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03026
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: tri-Na-citrate, isopropanol, PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG40001reservoir
220 %isopropanol1reservoir
30.1 Mcitrate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→14.93 Å / Num. all: 84588 / Num. obs: 84597 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Limit h max: 43 / Limit h min: 0 / Limit k max: 67 / Limit k min: 0 / Limit l max: 52 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2076195.96 / Observed criterion F min: 9.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / % possible all: 78.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 310401 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.8 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AKL

1akl


解像度: 1.74→14.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 6853 8.1 %random
Rwork0.184 ---
all0.185 85209 --
obs0.185 84497 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.9632 Å2 / ksol: 0.384305 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 108.98 Å2 / Biso mean: 19.54 Å2 / Biso min: 1.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.97 Å20 Å20 Å2
2--11.22 Å20 Å2
3----7.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.11 Å
Luzzati d res high-1.74
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 9 592 4898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.71
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.74-1.820.2168528.10.21791820.007105301003495.3
1.82-1.910.1998728.20.295750.007105841044798.7
1.91-2.030.1978598.10.19696430.007105591050299.5
2.03-2.190.1838377.90.18197260.006105841056399.8
2.19-2.410.1828357.90.18297390.006105891057499.8
2.41-2.760.1848858.30.18597800.006106711066599.9
2.76-3.470.1878517.90.18698560.006107151070799.9
3.47-14.930.178627.80.17101430.006110701100599.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.216 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor Rwork: 0.217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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