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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jik | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of S. aureus TyrRS in complex with SB-243545 | |||||||||
要素 | tyrosyl-tRNA synthetase | |||||||||
キーワード | LIGASE / tyrosyl-trna synthetase / staphylococcus aureus / truncation / structure based inhibitor design | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Jarvest, R.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus tyrosyl-tRNA synthetase in complex with a class of potent and specific inhibitors. 著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Green, S.M. / McDevitt, P. / Johanson, K. / Carter, P. / Hibbs, M. / Lewis, C. / Chalker, A. / Fosberry, A. / Lalonde, J. / Berge, J. / Brown, P. / ...著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Green, S.M. / McDevitt, P. / Johanson, K. / Carter, P. / Hibbs, M. / Lewis, C. / Chalker, A. / Fosberry, A. / Lalonde, J. / Berge, J. / Brown, P. / Houge-Frydrych, C.S. / Jarvest, R.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jik.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jik.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jik | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | the biological assembly is a dimer generated from the monomer in ASU and the operation -x,1/2-y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47655.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Variant: aureus N315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 13701524, UniProt: A6QHR2*PLUS, tyrosine-tRNA ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-545 / [ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: PEG 1000, CaCl2, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 9301 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 77 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 83 % / Num. measured all: 18549 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.1 |