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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jh1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MMP-8 complexed with a 6H-1,3,4-thiadiazine derived inhibitor | ||||||
要素 | Matrix Metalloproteinase 8 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Collagenase / Inhibitor / thiadiazine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schroder, J. / Henke, A. / Wenzel, H. / Brandstetter, H. / Stammler, H.G. / Stammler, A. / Pfeiffer, W.D. / Tschesche, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structure-based design and synthesis of potent matrix metalloproteinase inhibitors derived from a 6H-1,3,4-thiadiazine scaffold. 著者: Schroder, J. / Henke, A. / Wenzel, H. / Brandstetter, H. / Stammler, H.G. / Stammler, A. / Pfeiffer, W.D. / Tschesche, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jh1.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jh1.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jh1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jh1_validation.pdf.gz | 643.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jh1_full_validation.pdf.gz | 646.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jh1_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jh1_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jh1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17612.115 Da / 分子数: 1 / 断片: MMP-8 catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP-8 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22894, neutrophil collagenase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-JST / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 10% PEG6K, 10mM CaCl2, 100mM NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 5.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月20日 / 詳細: Monochromator |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 4893 / Num. obs: 4174 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 72.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MMP-8 解像度: 2.7→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.211 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.007 |