ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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CNS | 精密化 | DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→35.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 73178.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.306 | 503 | 10.4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.219 | - | - | - |
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all | - | 4829 | - | - |
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obs | - | 4829 | 91.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 128.9 Å2 / ksol: 0.3476 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.83 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.83 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.66 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.52 Å | 0.34 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.58 Å | 0.35 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→35.6 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2148 | 0 | 0 | 0 | 2148 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.24 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.337 | 67 | 9.7 % |
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Rwork | 0.271 | 622 | - |
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obs | - | - | 81.7 % |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor obs: 0.219 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.8 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.341 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.24 | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.271 |
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