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- PDB-1j4v: CYANOVIRIN-N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j4v
タイトルCYANOVIRIN-N
要素CYANOVIRIN-N
キーワードIMMUNE SYSTEM / CYANOVIRIN-N / HIV-INACTIVATING / DOMAIN-SWAPPED DIMER / DIPOLAR COUPLINGS / CONJOINED RIGID BODY-TORSION ANGLE DYNAMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
HIV-inactivating Protein, Cyanovirin-n / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N superfamily / CVNH domain / CVNH / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Bewley, C.A.
引用
ジャーナル: J.Magn.Reson. / 年: 2002
タイトル: Using conjoined rigid body/torsion angle simulated annealing to determine the relative orientation of covalently linked protein domains from dipolar couplings.
著者: Clore, G.M. / Bewley, C.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of Cyanovirin-N, a Potent HIV-Inactivating Protein
著者: Bewley, C.A. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Covell, D.G. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Cyanovirin-N, a Potent HIV-Inactivating Protein, Shows Unexpected Domain Swapping
著者: Yang, F. / Bewley, C.A. / Louis, J.M. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: Determination of the Relative Orientation of the Two Halves of the Domain-Swapped Dimer of Cyanovirin-N in Solution Using Dipolar Couplings and Rigid Body Minimization.
著者: Bewley, C.A. / Clore, G.M.
履歴
登録2001年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYANOVIRIN-N
B: CYANOVIRIN-N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0442
ポリマ－22,0442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYANOVIRIN-N / CV-N


分子量: 11022.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81180

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.4 / 温度: 306 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR-NIH / バージョン: (HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV/XPLOR_NIH) / 開発者: CLORE, KUSZEWSKI, SCHWIETERS, TJANDRA / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE COORDINATES ARE NUMBERED AS FOLLOWS: SUBUNIT 1: 1-101. SUBUNIT 2: 201-301. THE DIMER IS FULLY SYMMETRIC. THE AB' HALF OF THE DIMER COMPRISES RESIDUES 1-48 and 255-301. THE A'B HALF OF THE ...詳細: THE COORDINATES ARE NUMBERED AS FOLLOWS: SUBUNIT 1: 1-101. SUBUNIT 2: 201-301. THE DIMER IS FULLY SYMMETRIC. THE AB' HALF OF THE DIMER COMPRISES RESIDUES 1-48 and 255-301. THE A'B HALF OF THE DIMER COMPRISES RESIDUES 201-248 and 55-101. THE COORDINATES OF THE TWO HALVES OF THE DIMER ARE TAKEN FROM THE X-RAY COORDINATES (3EZM, 1.5 A RESOLUTION). THE ORIENTATION OF THE AB' HALF OF THE DIMER (RESIDUES 1-48 AND 255-301) RELATIVE TO THE A'B HALF OF THE DIMER (RESIDUES 201-248 AND 55-101) ARE DETERMINED BY CONJOINED RIGID BODY/TORSION ANGLE DYNAMICS ON THE BASIS OF RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS (68 x 2), ALLOWING ONLY THE PHI/PSI TORSION ANGLES OF RESIDUES 49-54 AND 249-254 TO ALTER THEIR CONFORMATION (SUBJECT TO NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY). IN ADDITION TO TERMS FOR DIPOLAR COUPLINGS (CLORE ET AL. J.MAGN.RESON. 131, 159-162 (1998) AND NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, THE TARGET FUNCTION ALSO INCLUDES A TERM OF A TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE (KUSZEWSKI AND CLORE, J. MAGN. RESON 146, 249-254 (2000)). DATA USED IN REFINEMENT: 68 x 2 1DNH DIPOLAR COUPLINGS MEASURED IN 5% C12E5 POLYETHYLENE GLYCOL/HEXANOL MIXTURE WITH A MOLAR RATIO OF SURFACTANT TO ALCOHOL OF 0.96 (PEG). AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA: DIPOLAR COUPLING R-FACTOR (CLORE AND GARRETT (1999) J. AM. CHEM. SOC. 121, 9008-9012): R-DIPOLAR (WORK/PEG) (68 x 2 COUPLINGS): 14.2% R-DIPOLAR (FREE/BICELLES) (18 x 2 COUPLINGS): 15.3% (CROSS-VALIDATED). (FOR REFERENCE, THE VALUES OF R-DIPOLAR IN PEG AND BICELLES FOR THE ORIENTATION OF THE TWO-HALVES OF THE DOMAIN-SWAPPED DIMER IN THE X-RAY COORDINATES, 3EZM, ARE 55.9% and 56.6%, RESPECTIVELY). The only protons in the coordinates are the backbone amide protons and the Ne1H proton of Trp. Note the coordinates for the two halves of the domain-swapped dimer are taken directly from the X-ray coordinates (3EZM) and their relative orientation is determined only on the basis of N-H dipolar couplings. Hence, there was no need to add the other protons to the coordinates. IN THIS ENTRY, THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES (20) AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. BEST FITTING TO GENERATE THE AVERAGE STRUCTURE IS WITH RESPECT TO RESIDUES 1-101 AND 201-301. NOTE THESE ERRORS ONLY REFLECT THE PRECISION WITH WHICH THE RELATIVE ORIENTATION OF THE TWO HALVES OF THE DOMAIN-SWAPPED DIMER HAS BEEN DETERMINED RELATIVE TO EACH OTHER. THEY DO NOT REFLECT THE ERRORS IN THE X-RAY COORDINATES OF 3EZM (WHICH ARE AROUND 0.09-0.16 A). NOTE THE OCCUPANCY FIELD HAS NO MEANING.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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