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万見
- PDB-1j46: 3D Solution NMR Structure of the Wild Type HMG-BOX Domain of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j46
タイトル3D Solution NMR Structure of the Wild Type HMG-BOX Domain of the Human Male Sex Determining Factor Sry Complexed to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
  • SEX-DETERMINING REGION Y PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MALE SEX DETERMINING FACTOR / SRY / SEX-REVERSAL MUTATION / DNA BENDING MUTANT / DIPOLAR COUPLINGS / MULTIDIMENSIONAL NMR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / calmodulin binding ...positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / calmodulin binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SRY / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Sex-determining region Y protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Murphy, E.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural basis for SRY-dependent 46-X,Y sex reversal: modulation of DNA bending by a naturally occurring point mutation.
著者: Murphy, E.C. / Zhurkin, V.B. / Louis, J.M. / Cornilescu, G. / Clore, G.M.
履歴
登録2001年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
A: SEX-DETERMINING REGION Y PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2163
ポリマ－19,2163
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 400RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4178.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4382.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 SEX-DETERMINING REGION Y PROTEIN / SRY


分子量: 10654.570 Da / 分子数: 1 / Fragment: HMG-BOX DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05066

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE FOLLOWING EXPERIMENTS WERE CONDUCTED: (1) DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN; (2) DOUBLE RESONANCE AND HETERONUCLEAR FILTERED FOR DNA; (3) QUANTITATIVE J CORRELATION FOR ...Text: THE FOLLOWING EXPERIMENTS WERE CONDUCTED: (1) DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN; (2) DOUBLE RESONANCE AND HETERONUCLEAR FILTERED FOR DNA; (3) QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS; (4) 2D, 3D AND 4D HETERONUCLEAR SEPARATED AND FILTERED NOE EXPERIMENTS; (4) 2D and 3D DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS FOR DIPOLAR COUPLING MEASUREMENTS IN LIQUID CRYSTALLINE MEDIUM OF 4.5-5% 3:1 DMPC:DHPC

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 7.2 / 温度: 308.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DRX600BrukerDRX6006002
Bruker DRX750BrukerDRX7507503

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH VERSION (HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV) / バージョン: (HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV) / 開発者: CLORE, KUSZEWSKI, SCHWIETERS / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED BY SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE (C. SCHWIETERS AND G.M. CLORE. J. MAGN. RESON., IN PRESS). THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR NOE RESTRAINTS, ...詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED BY SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE (C. SCHWIETERS AND G.M. CLORE. J. MAGN. RESON., IN PRESS). THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR NOE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, CARBON CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS (KUSZWESKI ET AL. J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92-96 (1995), J COUPLING RESTRAINTS (GARRETT ET AL. J. MAGN. RESON. SERIES B 104, 99, 103 (1994); DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS (CLORE ET AL. J.MAGN.RESON. 131, 159-162 (1998); J.MAGN.RESON. 133, 216-221(1998)), AND RADIUS OF GYRATION (KUSZEWSKI ET AL. JACS 121, 2337 (1999)). THE NON-BONDED CONTACTS ARE REPRESENTED BY A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM (NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136); THE DELPHIC TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI & C J. MAGN. RESON. 146, 249 (2000)); AND THE DELPHIC BASE-BASE POSITIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL. JACS 123, 3903 (2001)). IN THIS ENTRY THE SECOND TO LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES (400 FOR THE WILD TYPE COMPLEX) AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS (OBTAINED BY BEST FITTING TO RESIDUES 4-81 OF THE PROTEIN AND 101-128 OF THE DNA). WILD TYPE M9I MUTANT PDB ID: 1J46 1J47 DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY: BONDS 0.003 A 0.003 A ANGLES 0.81 DEG 0.80 DEG IMPROPERS 0.79 DEG 0.79 DEG DEVIATIONS FROM EXPT RESTRAINTS NOES (1795/1693) 0.04 A 0.03 A TORSION ANGLES (433/429) 0.29 DEG 0.30 DEG 3JHNA COUPLINGS (70/66) 0.84 HZ 0.90 HZ 13C CHEMICAL SHIFTS (165/165) 0.99 PPM 0.95 PPM HETERONUCLEAR DIPOLAR COUPLING R-FACTORS (CLORE AND GARRETT J. AM. CHEM. SOC. 121, 9008-9012): PROTEIN 1DNH (71/66) 5.5% 7.6% PROTEIN 1DCH (67/67) 6.3% 10.0% PROTEIN 1DNC' (68/62) 18.9% 28.9% PROTEIN 2DHNC'(68/62) 18.8% 21.6% DNA 1DNH (9/10) 10.2% 16.1% DNA 1DCH (37/33) 11.2% 10.7% DNA 1H-1H DIPOLAR COUPLINGS (55/53) 0.56 HZ 0.75 HZ % RESIDUES IN MOST FAVORABLE REGION OF RAMACHADRAN MAP 94.7% 94.7%
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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