PDB-1j2g: Crystal structure of Urate oxidase from Bacillus SP. TB-90 co-cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j2g

タイトル

Crystal structure of Urate oxidase from Bacillus SP. TB-90 co-crystallized with 8-Azaxanthine

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / T-fold barrel / purine

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hibi, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. / Oda, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of urate oxidase from Bacillus SP.
著者: Hibi, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. / Oda, J.

履歴

登録	2003年1月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j2g.cif.gz	258.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j2g.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r51
類似構造データ	5yj2-d 3wlv-d 7cmq-1 5y2p-1 7cuc-1 7cmn-1 5z2b-1 5z27-1 5ayj-d 7cuf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Uricase

B: Uricase

C: Uricase

D: Uricase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.390, 144.410, 78.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-503- SO4
2	1	B-1375- HOH
3	1	B-1410- HOH
4	1	C-2349- HOH

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 36581.207 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TB-90 / プラスミド: pUO6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, lithium sulfate, Tris-HCl, 8-azaxanthine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.01 Å / Num. all: 75717 / Num. obs: 75560 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 39 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10109 / R_sym value: 0.189 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→48.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21806	3800	5 %	RANDOM
R_work	0.18042	-	-	-
all	0.219	75717	-	-
obs	0.18232	71917	97.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.263 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9892	0	64	409	10365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	10184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.952	13804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.193	3	20960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.651	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.3	9700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.102	0.5	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.5	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.3	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.295	0.3	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.258	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.281	2	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.588	3	9908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.367	2	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.758	3	3896

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	253
R_work	0.214	4775

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1702	0.0108	0.1747	0.3983	0.0122	0.2488	-0.0307	0.0804	0.1566	-0.0735	0.0092	-0.0144	-0.0659	0.0196	0.0215	0.0969	-0.0098	0.0117	0.0341	0.0668	0.141	4.286	48.398	8.244
2	0.2217	-0.0677	0.0257	0.2932	0.044	0.0864	0.0029	0.0701	0.0072	-0.0533	0.0194	-0.0235	0.0113	0.0048	-0.0223	0.1272	-0.0015	0.0033	0.0983	0.0241	0.062	1.685	20.846	6.936
3	0.356	-0.0106	0.127	0.3108	0.0409	0.0207	0.0353	-0.0333	0.0244	0.0428	-0.0092	0.0175	0.0187	-0.0138	-0.026	0.1178	-0.0087	0.0169	0.073	-0.0138	0.0989	-3.334	20.678	36.985
4	0.259	-0.0235	0.0767	0.3216	-0.0415	0.1682	-0.0637	-0.0318	0.1488	0.051	0.0123	-0.0023	-0.0254	-0.0296	0.0514	0.0834	0.0128	0.0204	0.0178	-0.0448	0.1845	-8.364	47.81	35.566
5	0	0	0	16.1516	0	-1.1439	-0.0026	-0.0921	0.7043	0.2176	-0.0344	-0.1854	-0.3013	0.0324	0.037	0.1962	0.0007	-0.0012	0.1978	0.0006	0.1976	-17.577	42.494	2.255
6	-23.5845	5.3268	0	-5.7955	0	-5.8656	0.0061	0.5123	-0.3079	0.2177	-0.1519	0.042	-0.2885	-0.0537	0.1458	0.1975	0.0002	0.0001	0.1974	-0.0004	0.1966	23.172	26.815	14.585
7	0	5.6102	0	15.5426	0	11.7274	0.0168	0.2323	0.219	-0.1127	0.0033	0.105	0.2157	0.0836	-0.02	0.1966	-0.0011	-0.0005	0.197	-0.0003	0.1976	-25.362	24.596	29.156
8	0	15.6028	17.6406	-1.8072	0	18.7589	0.0089	0.1613	0.4923	-0.0879	-0.0236	0.1325	-0.3878	-0.1073	0.0148	0.1972	-0.0008	-0.0013	0.1976	-0.0011	0.1974	13.802	43.864	41.651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 312	7 - 312
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	7 - 312	7 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	7 - 312	7 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	7 - 312	7 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	I	4320	1
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	J	1320	1
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	K	2320	1
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	L	3320	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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