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- PDB-1j19: Crystal structure of the radxin FERM domain complexed with the IC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j19
タイトルCrystal structure of the radxin FERM domain complexed with the ICAM-2 cytoplasmic peptide
要素
  • 16-mer peptide from Intercellular adhesion molecule-2
  • radixin
キーワードCELL ADHESION / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium base / regulation of actin filament bundle assembly / regulation of organelle assembly / regulation of ruffle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / negative regulation of adherens junction organization / regulation of Rap protein signal transduction / Recycling pathway of L1 ...stereocilium base / regulation of actin filament bundle assembly / regulation of organelle assembly / regulation of ruffle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / negative regulation of adherens junction organization / regulation of Rap protein signal transduction / Recycling pathway of L1 / uropod / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / Integrin cell surface interactions / positive regulation of protein localization to early endosome / cell tip / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / protein kinase A signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / barbed-end actin filament capping / stereocilium / negative regulation of cell size / apical protein localization / cellular response to thyroid hormone stimulus / establishment of endothelial barrier / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cortical actin cytoskeleton / protein kinase A binding / microvillus / cleavage furrow / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ruffle / T-tubule / cell periphery / filopodium / adherens junction / establishment of protein localization / cell-cell adhesion / positive regulation of protein catabolic process / integrin binding / apical part of cell / lamellipodium / myelin sheath / regulation of cell shape / actin binding / ATPase binding / midbody / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / positive regulation of gene expression / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal ...Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Radixin / Intercellular adhesion molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hamada, K. / Shimizu, T. / Yonemura, S. / Tsukita, S. / Tsukita, S. / Hakoshima, T.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2003
タイトル: Structural basis of adhesion-molecule recognition by ERM proteins revealed by the crystal structure of the radixin-ICAM-2 complex
著者: Hamada, K. / Shimizu, T. / Yonemura, S. / Tsukita, S. / Tsukita, S. / Hakoshima, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallographic characterization of the radixin FERM domain bound to the cytoplasmic tail of the adhesion protein ICAM-2
著者: Hamada, K. / Shimizu, T. / Matsui, T. / Tsukita, S. / Tsukita, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録2002年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: radixin
B: 16-mer peptide from Intercellular adhesion molecule-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3052
ポリマ－39,3052
非ポリマー00
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.440, 100.440, 99.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 radixin


分子量: 37368.008 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26043
#2: タンパク質・ペプチド 16-mer peptide from Intercellular adhesion molecule-2 / ICAM-2 cytoplasmic peptide / ICAM-2 cytoplasmic tail


分子量: 1937.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35330
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG6000, MES, NaCl, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.27 mMprotein/peptide solution11
250 mMMES/Na12pH6.0
32 %PEG600012
4130 mM12NaCl
50.4 mMdithiothreitol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.7 Å / Num. all: 599708 / Num. obs: 23153 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 599708 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GC7

1gc7


解像度: 2.4→14.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1411875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2269 9.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 23002 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.0264 Å2 / ksol: 0.328436 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.22 Å2-1.81 Å20 Å2
2---6.05 Å20 Å2
3---11.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 0 232 2966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.922.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 353 9.3 %
Rwork0.348 3423 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.492
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.922.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.53 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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