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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j15 | ||||||
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タイトル | BENZAMIDINE IN COMPLEX WITH RAT TRYPSIN MUTANT X99/175/190RT | ||||||
要素 | Trypsin II, anionic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Reconstructing the Binding Site of Factor Xa in Trypsin Reveals Ligand-induced Structural Plasticity 著者: Reyda, S. / Sohn, C. / Klebe, G. / Rall, K. / Ullmann, D. / Jakubke, H.D. / Stubbs, M.T. #1: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2002 タイトル: pH-dependent binding modes observed in trypsin crystals: lessons for structure-based drug design 著者: Stubbs, M.T. / Reyda, S. / Dullweber, F. / Moeller, M. / Klebe, G. / Dorsch, D. / Mederski, W.W.K.R. / Wurziger, H. #2: ジャーナル: J.MED.CHEM. / 年: 1998 タイトル: Structural and functional analyses of benzamidine-based inhibitors in complex with trypsin: implications for the inhibition of factor Xa, tPA, and urokinas 著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Stuerzebecher, J. / Stubbs, M.T. #3: ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 1996 タイトル: Structural Aspects of Factor Xa Inhibition 著者: Stubbs, M.T. #4: ジャーナル: FEBS LETT. / 年: 1995 タイトル: Crystal structures of factor Xa specific inhibitors in complex with trypsin: structural grounds for inhibition of factor Xa and selectivity against thrombin 著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j15.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j15.ent.gz | 43.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j15.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j15_validation.pdf.gz | 435.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j15_full_validation.pdf.gz | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j15_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j15_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/1j15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/1j15 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23836.756 Da / 分子数: 1 / 変異: K97E, L99Y, S190A, Y172S, P173S, G174F, K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: pancreas / プラスミド: pyt / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00763, trypsin | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33.33 Å / Num. obs: 21903 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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